AFIP no saltea nunca numeracion. Lo que si pasa es que podes tener justo problema en tu vinculo cuando esta llegando la respuesta de afip y no te llega la respuesta o incluso cuando tiene problemas de performance afip (ej. casi todos los dias de 20 a 20:05) tampoco te llega la respuesta.
Tenes que tocar el código y hacer el manejo de las respuestas que por alguna razon no te vuelven de AFIP.
Deberías consultar en tu DB y si afip te indica ultimo = 10 pr ejemplo y en tu DB tenes ultimo = 9, tenes que utilizar el metodo que recupera comprobantes anteriores y completarlos.
Si es una app local para un negocio chico podes hacerlo a mano con el metodo get, sino si es para algo mas voluminoso, tenes que automatizarlo, manejar el reproceso etc etc....