Hola, son cosas distintas:
Factura C va a poder hacer si el emisor es monotributista.
Si es responsable inscripto va a hacer A o B, en el caso de venderle a un consumidor final sera B.
La cobranza con tarjeta o cualquier otro medio de pago no tiene nada que ver con el servicio de facturación electrónica.
Una vez que tengas el comprobante emitido y el CAE corresopndiente, sea factura A, B, C, E o M, le cobraras como prefieras.
Luego esa cobranza la podras incorporar en el formulario, sea impreso o enviado por email.