Hola!!
La pregunta 1 creo que se responde con la 2: tenes que habilitar un nuevo punto de venta para facturar, asi que la numeracion arranca de 1 nuevamente.
Con respecto a la pregunta 3 tenes 2 opciones: no facturar mientras, o utilizar el metodo anterior en esos lapsos.
En mi experiencia, los cortes hasta ahora no fueron (desde afip) tantos, si fueron por algunas horas las veces que fallaron. En mis clientes, esperaran que vuelva el sistema. Porque al principio cuando recien arrancaban, en el primer corte que hubo, decidieron mandar los comprobantes por el sistema anterior y demoro mas en llegar los CAE de lo que demoro en volver el webservice.
Saludos!