Mirá, vos tenés una manera de consultarlo que la habían publicado más atrás.
tipo_cbte = 1
punto_vta = 2
cbte_nro = 3
cae = WSFE.CompConsultar(tipo_cbte, punto_vta, cbte_nro)
Eso te consulta la factura A 0002-00000003
Y después, en el ResponseXML tenés todos los datos del comprobante.
Yo justamente estoy implementando todo eso en mi sistema para consultar todos los del mes, para chequear de que todo lo que tiene el sistema esté de acuerdo con AFIP. Entonces, hago un select sobre mi tabla de comprobantes, obtengo todos los comprobantes emitidos en el mes, lo pongo en un bucle que recorra toda la consulta y voy obteniendo los datos uno por uno, y constato contra mi sistema.
Me parece la manera más práctica, ya que siempre tenés que pensar que AÚN con el mayor cuidado (poner la obtención del CAE como último paso antes de grabar una factura en tu sistema, etc. etc.) SE TE PUEDE DESFASAR, ya que si vos grabás tus comprobantes en una transacción, y si no graba en todas las tablas podés volver atrás la transacción con un rollback, nadie puede hacer un rollback sobre lo que se grabó en AFIP (si alguien consigue hacerlo que avise, hay varios clientes que me lo piden jajaja).