Hola Pablo,
Si solo tienes instalado un puppet-master en el servidor seria suficiente con guardarte los siguientes directorios:
/etc/puppet -> información de config de master y client.
/var/lib/puppet -> entidad certificadora, certificados firmados y demás cosas importantes.
OPCIONAL: /etc/httpd (redhat based) o /etc/apache2 (Debian Based) -> esto es por si lo tienes integrado con passenger.
NOTA: Si te guardas /etc completo te curas en salud :)
Si tuvieras que restaurar un servidor de 0 tendrías que hacer lo siguiente:
1. Instalas los paquetes de puppet-master y client (solo si aplica).
2. Te aseguras que los servicios estén parados.
3. Borra /etc/puppet y /var/lib/puppet
4. Restaura la copia tal cual de los directorios de los que has hecho backup en los pasos anteriores.
Poquito mas, espero que te sirva de ayuda.
Un abrazo.