Hola,
Tenés 2 métodos:
1) Manual: Cada vez que modificás un método, aprovechás para formatearlo (Beautify) y limpiarlo. Esto se suele hacer cuando se refactoriza, una vez obtenida la funcionalidad deseada. Es el método habitual.
2) Automatizada: Podés hacer un programa (no sé si existirá alguno) que lea el código fuente y borre las líneas en blanco y las que comienzan por * o por &&. Lo malo de esto es que esto te borraría incluso los comentarios "buenos" que explican ciertos funcionamientos, lo que te dejaría el código sin su autodocumentación, y por el otro lado quitando las líneas en blanco haría que tu código quede bastante inentendible y todo apiñado. Las líneas en blanco justamente sirven para facilitar la lectura del código.
Saludos.-