Agrega un timestamp dentro de la tabla, cada vez que una fila es modificada, el timestamp es actualizado automáticamente, luego, si guardaste el instante antes de iniciar el update, luego, el instante que termina el instante, seleccionando de la tabla las filas que esten en ese rango (para su campo timestamp) tenes las que fueron actualizadas (como mysql es ACID, no podrían haber corrido dos updates a la vez).
Saludos: Miguel, La Pampa (RA)