Amigo, por lo general los respaldos son para hacer recuperaciones en caso de desastre, por tal motivo debe ir con estructura de una vez, ya que con un solo script puedes recuperar de una vez, y no tendrias que ejecutar dos, en fin depende para que haces el respaldo, por ejemplo yo he hecho respaldos temporales, solo para subirlo en otra base de pruebas, pero no como parte de un respaldo por seguridad, en este caso se puede utilizar el sqlyog, o el heidi.
Para mis respaldos se ejecuta el siguiente script por medio del Cobian Backup, cuando termina el script, el cobian comprime el archivo de texto, y lo copia a una carpeta o disco duro externo, y ademas lo sube por medio de ftp a un servidor externo, tambien tengo clientes que lo copia en la carpeta de google drive.
CD\directorio_bin_de_mysql
mysqldump -uUSUARIO -pCLAVE nombre_de_la_base_de_datos > c:\ruta_de_respaldo\nombre_archivo_respaldo.txt
El script generado, es muy eficiente a la hora de restaurarlo.