Hola.
Si el programa que usas admite control por MIDI claro que se puede.
Para simplificar las cosas, necesitas una placa teensy o un arduino leonardo (o alguno que tenga el chip Atmega32u4)
Estas placas con este chip son configurables para que al conectarlos al PC, Mac, tablet, etc. se muestren como un dispositivo MIDI. En el caso de los teensy es más fácil. En los arduino leonardo se hace con "teeonardu". Hay unos tutos de Adafruit que te lo explican.
En definitica: placa arduino con botones y que envíe midi CC para que el programa cambie presets, parámetros, etc.
Busca "arduino foot controller" y encontrarás un montón de información.
Si quisieras hacerlo con un Arduino UNO normal (los chinos con convertidor serie ch340 o los antiguos arduinos con el ftdi no sirven) puedes meter un firmware para el atmega8u2/atmega16u2 para convertirlo en un dispositivo MIDI, pero se complica más la cosa. Busca MOCO LUFA (suena raro, pero en fin... jajaja)
Otra posibilidad para que funcione con cualquier arduino es usar un programa convertidor de serie a MIDI (busca Hairless midi). aunque a mi personalmente no me gusta tener que ejecutar otro programa en mi sistema.
Si necesitas alguna información concreta no dudes en consultarme.
Saludos ;)