Hola Antonio
de pronto se me ocurre , lo que necesitas hacer es transmitir el
archivo en forma binaria,
a nivel de protocolos FTP, puedes transmitir o ascii o binary , esto
depende mucho de como esten configurados los servidores
entonces con el software que transmitas o la libreria que utilices
desbes cambiar este parametro.
ftpIsBinary = 1
ftpIsBinary = 0
Segun el caso.