Si agregas el archivo Config.FPW a tu proyecto, este lo utilizará
el .EXE solo cuando se ejecute de forma independiente de VFP, si
el .EXE lo ejecutas desde la ventana de comandos de VFP no toma en
cuenta el Config.FPW, en su lugar se queda con la configuración y
entorno de trabajo actual.
Para resolver el asunto, en lo personal, tengo un procedimiento en el
que seteo todo lo del Config.FPW, a este le hago la llamada al
comienzo de mi aplicación (si es que detecto que está dentro de VFP),
y cuando cierro la aplicación (si detecto que está dentro de VFP), le
hago la llamada a otro procedimiento que me restablece todos los sets
a como los utilizo en VFP.
Así de sencillo.
Saludos