Lo primero que tienes que definir es que requisitos legales tienes en relación a los folios (facturas) y su numeración.
El autoincremental (AI) es simple, pero si tu numeración debe ser consecutiva, si un usuario inicia una factura y luego cancela, pueden crearse agujeros (gaps) en la la numeración que legalmente no son permitidos o deben crearse "folios" anulados (normalmente, pasa, poco pero pasa) porque algunos podrán justificarse pero muchos no (AFIP u homólogos de cada país entran a REE).
Porque puedes usar AI como PK de las cabeceras de las facturas, pero la numeración "legal" corre por cuenta propia. Dicha numeración legal desde mi punto de vista debería ser la PK, pero si a gusto del programador usa AI, la numeración legal debe ser UNIQUE.
En Argentina la clave del folio-factura está compuesta por tipo de emisor (ante el IVA), número de emisor, número de folio/factura (correlativo).
La solución será la misma en prácticamente cualquier SGBD.
Saludos: Miguel, La Pampa (RA)
Larga Vida y Prosperidad
Que la Fuerza los acompañe