Pues, en teoria deberia ser tan simple como cargar el conenido del .SQL en una variable y luego mandarlo a MySql con un SQLEXEC:
LOCAL cScript
cScript=FILETOSTR("miscript.sql")
SQLEXEC(nConn, cScript)
Ahora, en el caso particular de SQL Server, esto no me funcionaba porque por alguna razon el driver ODBC no me permitia enviar mas de una instruccion al mismo tiempo. Lo solucione "picando" el script en sus instrucciones individuales, usando el GO como separador de instruccion.
Espero te sea de utilidad
Saludos
Victor Espina