Yo también tuve problemas al tratar de ejecutar ciertos comandos con el RUN de VFP.
Por ésta razón, mejor me cambié a utilizar el ShellExecute.
O bien, otra forma de arreglarlo que también me funcionó fue meter los NET USE y SUBST adentro de un archivo .BAT y con el RUN de VFP invocar al .BAT que hice.
Tal vez algo de esto te sea de utilidad.
Saludos, Edgar Acevedo.