Revisa la contraseña de la base (y el usuario). posiblemente, para no tener problemas tengas que acceder como root.
Yo he usado esa herramienta pero generalmente lo que hago es generar el scrip y luego correrlo, no hago sincro directa.
Además, ten en cuenta que dbdesigner, se hizo para mysql 4, y puede que tenga algún intento de acceso no esperado en las nuevas versiones de mysql