Trata de abrir el archivo que creas en modo hexadecimal, luego, fijate con que caracteres te muestra al final de la línea (0A o 0D o ambos) que serían avance línea, retorno de carro. También trata de pasarlo por el block de notas, que no es bueno para editar, pero puede ayudarte detecta caracteres extraños
Hace el proceso inverso también, de navicat a notepad++ o a bloc de notas, para ver que te muestra.
Chequea si el mysql no tiene alguna configuración de caracteres especial, hace varios años que no trabajo con el, y por compatibilidad con los hosting web, nunca estabamos con la versión más actualizada, además, en el equipo, me encargaba más del diseño que de la configuración, por lo que nunca hurguetie con la parametrización.