Buenas noches!
Tenes que usar la opción shadow copy para esos casos. Es mas lento el proceso de backup pero te aseguras que termine con éxito. El cobian tiene esa opción. Cuando hagas la prueba del bkp asegurate que no te de error al activar el shadow copy.
Igualmente al configurarlo si no recuerdo mal tenes una herramienta para verificar si anda bien.
Saludos,
César