Hola.
Si, no hay ningun problema en presentarte a la UN y entrar a estudiar siendo estudiante activo de la UPN.
Hace un tiempo hicimos una publicación al respecto:
http://www.pasaralaunacional.com/2011/01/estudiar-en-2-universidades-publicas.html
Respecto al valor a pagar una vez te gradúes el valor asignado dependerá del estudio socio-económico que realice la UNAL, no deberás pagar valor máximo de matrícula pues hasta donde tengo entendido no se emiten tarjetas profesionales a las carreras que ofrece la UPN (como si las tienen los contadores, los abogados, los médicos, etc)
Un saludo.