A única vantagem é o facto de ser uma Web App, teres administração e poderes aceder a uma maquina virtual dentro da empresa estando fora da empresa.
Se for para fazeres uma espécie de ThinClient recomendo LTSP.
Se for só para alguns utilizadores recomendo uma VPN com VNC.
Para outros WebApp VNC:
http://guac-dev.org/http://xmodulo.com/2013/09/access-vnc-remote-desktop-web-browser.htmlhttp://sourceforge.net/projects/ajaxvnc/Web Applications é o futuro naturalmente, mas WebVNC para aceder a uma aplicação instalada num PC não é propriamente uma solução, é mais um desenrasque e só deveria ser para Admins, pode levar a más praticas e hábitos por parte dos Users.
Boa sorte com o projecto.