Error saying Skipping case/control phenotype 'pheno1' since all samples are controls.

[Avni Moretti]

Hi,

I am getting an error saying 

--glm: Skipping case/control phenotype 'pheno1' since all samples
are controls. 

My phenotype file looks like this:

FID     IID     late_telangiectasia_G1  late_atrophy_G1 late_atrophy_G2 late_nipple_retraction_G1       late_nipple_retraction_G2       late_oedema_G1  late_oedema_G2  late_induration_tumour_G1       late_induration_outside_G1      late_induration_G2      late_arm_lymphoedema_G1 late_hyperpigmentation_G1
1       470502  1       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0
2       470514  0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0
3       470422  0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       1
4       470510  0       0       0       0       0       1       0       1       1       1       0       1
5       470506  0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0
6       471948  0       0       0       0       0       0       0       1       0       0       0       0
7       469922  -9      -9      -9      -9      -9      -9      -9      -9      -9      -9      -9      -9
8       471220  0       1       1       -9      -9      0       0       1       1       1       0       0
9       470498  0       1       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0
10      471993  0       1       1       0       0       0       0       0       0       0       0       0
11      470414  0       1       0       0       0       0       0       0       1       0       0       0
12      470522  0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0
13      470345  0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0
14      471275  0       1       0       -9      0       0       0       1       0       0       0       0
15      471283  0       1       0       0       0       0       0       1       1       0       0       0
16      472577  0       1       0       0       0       0       0       1       0       0       0       0
17      470492  0       1       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0
18      472889  0       0       0       -9      0       0       0       0       0       0       0       0
19      470500  0       1       0       1       0       0       0       0       1       0       0       0
20      470493  0       0       0       0       0       0       0       1       1       0       0       0

cases are 1 and controls are 0. 

MY command is: 

#!/bin/bash
#PBS -N Late_Tox_regression_withoutresid
#PBS -l walltime=06:00:00
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l vmem=16gb
#PBS -m bea
#PBS -M email


i=$PBS_ARRAYID
cd /scratch/genomeqol/Late_Tox_GWAS

./plink2 --threads 8 --pfile output_init --pheno Toxicity_Endpoint2.pheno --covar PCA_swapped.covar --extract extract0.3.txt --maf 0.05 --hardy --adjust --freq --glm --out Late_Tox_GWAS_results_withoutresid

I am not really sure what the issue is.

Any help would be greatly appreciated. 

[Christopher Chang]

For historical reasons, plink expects controls to be coded as "1" and cases to be coded as "2" by default.  Use the --1 flag to specify 0/1 encoding.

[Avni Moretti]

Thank you so much!