Homo uncompatibilis
Wojciech Orlinski
'Wirusy to problem kompatybilnych' jakos nie moglem przestac myslec o
tym zdaniu i goń myślowa wyewoluowala mi do takiego oto pomyslu: projekt
Czlowieka Niekompatybilnego. Jesli dobrze rozumiem, translacja DNA
polega na tym, ze molekuly tRNA odczytują trojki par zasad i podczepiają
odpowiednie aminokwasy do syntezowanego bialka. Czlowiek Niekompatybilny
mialby sztucznie podmienione tRNA, przez to jego metabolizm bylby
identyczny ze zwyklym czlowiekiem - tylko ze aminokwasy bylyby kodowane
inaczej. Innymi trojkami po prostu.
No wiec jesli na liscie sa jeszcze jacys biolodzy, ktorzy mnie nie
filtruja ;-), prosilbym o dwa zdania komentarza. Po pierwsze, czy taki
pomysl w ogole dawalby owemu Niekompatybilnemu jakies realne korzysci, w
postaci odpornosci na infekcje wirusowe. Kod wirusa w jego organizmie
dawalby jakies bezsensowne bialka i wirus nie moglby sie rozmnazac.
Wyobrazam sobie, ze projekt Homo Unc. bylby na przyklad ostatnia szansa
ludzkosci na przetrwanie w obliczu jakiejs straszliwej zarazy. Ale z
drugiej strony, czy nie pojawilyby sie tu jakies problemy o ktorych nie
pomyslalem z braku dostatecznej wiedzy. Czy rzeczywiscie wybor trojek
par zasad do konkretnych aminokwasow zostal dokonany kiedys przez
Przyrode zupelnie przypadkowo i nie ma to zadnego znaczenia czy dana
glicyna jest kodowana tak czy siak?
--
Then I ate his modem with some nice chianti
Jan Rudziński
Wojciech Orlinski wrote:
>
[...]
> polega na tym, ze molekuly tRNA odczytują trojki par zasad i podczepiają
> odpowiednie aminokwasy do syntezowanego bialka. Czlowiek Niekompatybilny
> mialby sztucznie podmienione tRNA, przez to jego metabolizm bylby
> identyczny ze zwyklym czlowiekiem - tylko ze aminokwasy bylyby kodowane
> inaczej. Innymi trojkami po prostu.
Czy on mógłby jeść? Chyba tak?..
>
> No wiec jesli na liscie sa jeszcze jacys biolodzy, ktorzy mnie nie
> filtruja ;-), prosilbym o dwa zdania komentarza. Po pierwsze, czy taki
> pomysl w ogole dawalby owemu Niekompatybilnemu jakies realne korzysci, w
> postaci odpornosci na infekcje wirusowe. Kod wirusa w jego organizmie
> dawalby jakies bezsensowne bialka i wirus nie moglby sie rozmnazac.
A czy ten homo unc. mógłby się rozmnażać? Chyba tylko z unc_homką?...
> Wyobrazam sobie, ze projekt Homo Unc. bylby na przyklad ostatnia szansa
> ludzkosci na przetrwanie w obliczu jakiejs straszliwej zarazy. Ale z
> drugiej strony, czy nie pojawilyby sie tu jakies problemy o ktorych nie
> pomyslalem z braku dostatecznej wiedzy. Czy rzeczywiscie wybor trojek
> par zasad do konkretnych aminokwasow zostal dokonany kiedys przez
> Przyrode zupelnie przypadkowo i nie ma to zadnego znaczenia czy dana
> glicyna jest kodowana tak czy siak?
Czy to nie na tej grupy jakiś biolog narzekał, że istotnie kodowanie
nie tylko może być, ale i jest różne u różnych organizmów. Zdaje się, że
kod, odpowiadający jakiemuś konkretnemu białku u jednej bakterii
odpowiada kodowi 'STOP' u innej i proste przeniesienie DNA nie wychodzi.
Z drugiej strony jestem prawie pewny, że podmieniać kodu nie da się w
sposób dowolny, to znaczy konkretne białko może być kodowane tak lub
owak, ale siak już nie. Takie mam niczym nie poparte wrażenie...
>
> --
> Then I ate his modem with some nice chianti
--
Pozdrowienia
Janek http://www.astercity.net/~janekr
Niech mnie diabli porwą!
Niech diabli porwą? To się da zrobić...
Wojciech Orlinski
> > No wiec jesli na liscie sa jeszcze jacys biolodzy, ktorzy mnie nie
> > filtruja ;-), prosilbym o dwa zdania komentarza. Po pierwsze, czy taki
> > pomysl w ogole dawalby owemu Niekompatybilnemu jakies realne korzysci, w
> > postaci odpornosci na infekcje wirusowe. Kod wirusa w jego organizmie
> > dawalby jakies bezsensowne bialka i wirus nie moglby sie rozmnazac.
>
> A czy ten homo unc. mógłby się rozmnażać? Chyba tylko z unc_homką?...
Albo przez klonowanie. Jesli technika bedzie taka, ze beda mogli robic
TAKIE numery, to klonowanie przy tym bedzie sie sprowadzac do klikniecia
na ikonke (wersja linuksowa: wstukania dwudziestu polecen z tysiacem parametrow)
Jan Rudziński
Hmmm... A jak się taki unc_homek zapomni ze zwykłą panienką albo vice
versa, to co się urodzi?
>
> --
> Then I ate his modem with some nice chianti
Wojciech Orlinski
> > Albo przez klonowanie. Jesli technika bedzie taka, ze beda mogli robic
> > TAKIE numery, to klonowanie przy tym bedzie sie sprowadzac do klikniecia
> > na ikonke (wersja linuksowa: wstukania dwudziestu polecen z tysiacem parametrow)
>
> Hmmm... A jak się taki unc_homek zapomni ze zwykłą panienką albo vice
> versa, to co się urodzi?
Prawdopodobnie nic - komorka jajowa, ktora nie bedzie sie mogla nawet
podzielic. Co za oszczednosc na antykoncepcji i brak strachu przed
AIDS... do licha, dopiero jak zwrociles mi uwage na ten aspekt, zaczalem
na serio sobie wyobrazac takie opowiadanie...
Michał Kurek
problem. Jeżeli możliwe stałoby się stworzenie takiego człowieka to
powstałoby miejsce niezagospodarowane przez bakteria i wirusy. Stworzenia te
mają b.duże zdolności adaptacyjne. Uważam więc, że po pewnym czasie
pojawiłyby śię organizmy, które mogłyby zarażać nawet tak zmienionego
człowieka.
Użytkownik Wojciech Orlinski <W.Orl...@gazeta.pl> w wiadomości do grup
dyskusyjnych napisał:3A01B07F...@gazeta.pl...
Wojciech Orlinski
> >> Tylko nie
> >> wiem, czemu od razu te pomysły ironizujesz.
> >
> >Jej, przeciez znasz mnie tyle, zeby rozpracowac ten algorytm. Ja uwazam,
> >ze Prawdziwe Problemy to sa tylko te, ktore sa zwiazane z codzienna
> >egzystencja: [...]
>
> Zadziwiające, jak się dzisiaj wszyscy zgadzamy, rzeczywiście :-) i że w
> ogóle możemy się nie zgadzać w tylu sprawach, mając to samo zdanie na
> tak fundamentalny temat.
Bo to tak naprawde nie jest zdanie, tylko emocja. Mozemy dzielic te same
emocje, rownoczesnie majac na ich temat zupelnie inne zdanie (np. ja
moge zalowac tych emocji i marmieładyzowac na ich temat, a Ty byc dumnym
z ich odczuwania).
> Zauważ jednak, że pewne idee w tej co bardziej oderwanej od życia sztuce
> mogą być jak najbardziej relewantne i w tych aspektach. Zwłaszcza SF
> traktuje często o problemach, których jeszcze nie mamy, ale możemy mieć.
> Od Orwella przez różne wizje atomowej zagłady, katastrof ekologicznych
> do, no tak, uzależnienia się w wirtualu w CJD :-)
Alez oczywiscie, ze sztuka moze podejmowac takie tematy i bardzo to
lubie. Tylko ze w samym ich zalozeniu tkwi pewna sztucznosc. Jezeli ja
mam teraz czas czytac ksiazke, a pisarz ja napisac - to znaczy, ze ani
mi ani jemu nie wiedzie sie tak bardzo zle. Gdyby bylo ze mna zle, ja
bym nie czytal, a gdyby z nim - on by nie pisal. Dlatego wlasnie sztuka
zawsze jest z natury ironiczna (a odpowiadalem na takie wlasnie pytanie
Jacka). Dobrze, jesli artysta jest tego swiadom i ma choc odrobinke
auto-ironii. Ale kiedy ktos pisze Bardzo Smutna Ksiazke O Sensie Zycia,
a potem jeszcze dopisuje pod spodem liste egzotycznych miejscowosci, w
ktorych snul te swoje smutne rozwazania (jak to MSH ma w zwyczaju):
Ipanema - Akapulko - Ciechocinek - Biarritz - Bangkok, 1998-1999, naraza
sie automatycznie na zgryzliwa uwage ironicznego czytelnika
('mistrzuniu, tez bym chcial sobie teraz siedziec na plazy w Ipanema i
rozmyslac o bezsensie zycia'). Mnie w kazdym razie na miejscu pisarza
sytuacja tak by bawila, ze bym nie trafial w klawisze ze smiechu.
--
-----------------------------------------------
Wojciech Orlinski 'de omnibus dubitandum'
http://www.geocities.com/CapitolHill/2594
Error 403: Access denied. You are not authorized
to read this signature.
Jacek Dukaj
>
> > Zauważ jednak, że pewne idee w tej co bardziej oderwanej od życia sztuce
> > mogą być jak najbardziej relewantne i w tych aspektach. Zwłaszcza SF
> > traktuje często o problemach, których jeszcze nie mamy, ale możemy mieć.
> > Od Orwella przez różne wizje atomowej zagłady, katastrof ekologicznych
> > do, no tak, uzależnienia się w wirtualu w CJD :-)
>
> Alez oczywiscie, ze sztuka moze podejmowac takie tematy i bardzo to
> lubie. Tylko ze w samym ich zalozeniu tkwi pewna sztucznosc. Jezeli ja
> mam teraz czas czytac ksiazke, a pisarz ja napisac - to znaczy, ze ani
> mi ani jemu nie wiedzie sie tak bardzo zle. Gdyby bylo ze mna zle, ja
> bym nie czytal, a gdyby z nim - on by nie pisal. Dlatego wlasnie sztuka
> zawsze jest z natury ironiczna (a odpowiadalem na takie wlasnie pytanie
> Jacka). Dobrze, jesli artysta jest tego swiadom i ma choc odrobinke
> auto-ironii. Ale kiedy ktos pisze Bardzo Smutna Ksiazke O Sensie Zycia,
> a potem jeszcze dopisuje pod spodem liste egzotycznych miejscowosci, w
> ktorych snul te swoje smutne rozwazania (jak to MSH ma w zwyczaju):
> Ipanema - Akapulko - Ciechocinek - Biarritz - Bangkok, 1998-1999, naraza
> sie automatycznie na zgryzliwa uwage ironicznego czytelnika
> ('mistrzuniu, tez bym chcial sobie teraz siedziec na plazy w Ipanema i
> rozmyslac o bezsensie zycia'). Mnie w kazdym razie na miejscu pisarza
> sytuacja tak by bawila, ze bym nie trafial w klawisze ze smiechu.
Ależ Ty, Wojtku, jestes potworny materialista, no w Sevres Cię postawić
i przeprowadzać koło Ciebie Werterów dla błyskawicznych kuracji!
Dlaczegóż, u licha, status materialny (którego pochodnymi są ilosc czasu
wolnego i zdolnosc do dalekich wojaży) uważasz za najważniejszy, ba,
bodaj jedyny wskaźnik szczęsliwosci i spokoju ducha? Naprawdę szczytem
Twoich marzeń jest nieskończonej głębokosci konto bankowe i nie-biedak z
rozterkami równa się dla Ciebie Taucetaninowi? Ustawiasz się w takiej
pozycji, że ex definitione żadna wyższa refleksja nie ma do Ciebie
dostępu. No i co z tego, że musisz smieci wyrzucać i pieluchy zmieniać?
Nikt tu nie żyje eterycznym życiem aniołów. Na dłuższą metę bardzo
smutny jest żywot ironisty.
Napisz wreszcie jakąs SF serio, dobrze? "Śnieżka" naprawdę była niczego
sobie.
JD
Wojciech Orlinski
> > auto-ironii. Ale kiedy ktos pisze Bardzo Smutna Ksiazke O Sensie Zycia,
> > a potem jeszcze dopisuje pod spodem liste egzotycznych miejscowosci, w
> > ktorych snul te swoje smutne rozwazania (jak to MSH ma w zwyczaju):
> > Ipanema - Akapulko - Ciechocinek - Biarritz - Bangkok, 1998-1999, naraza
> > sie automatycznie na zgryzliwa uwage ironicznego czytelnika
> > ('mistrzuniu, tez bym chcial sobie teraz siedziec na plazy w Ipanema i
> > rozmyslac o bezsensie zycia'). Mnie w kazdym razie na miejscu pisarza
> > sytuacja tak by bawila, ze bym nie trafial w klawisze ze smiechu.
>
> Ależ Ty, Wojtku, jestes potworny materialista, no w Sevres Cię postawić
> i przeprowadzać koło Ciebie Werterów dla błyskawicznych kuracji!
> Dlaczegóż, u licha, status materialny (którego pochodnymi są ilosc czasu
> wolnego i zdolnosc do dalekich wojaży) uważasz za najważniejszy, ba,
> bodaj jedyny wskaźnik szczęsliwosci i spokoju ducha?
Bo jak by to powiedzial Boni, sprawy materialne sa pierwotne wobec
duchowych. Food is the first thing, moral follows on, jak mawia w takich
sytuacjach Mackie Majcher (w kazdym razie w wydaniu Toma Waitsa).
> Naprawdę szczytem
> Twoich marzeń jest nieskończonej głębokosci konto bankowe i nie-biedak z
> rozterkami równa się dla Ciebie Taucetaninowi?
Sortof. Juz o tym pisalem wielokrotnie, ze mimo rozlicznych cwiczen i
prob, nie umiem sobie wyobrazic sytuacji czlowieka pozbawionego trosk
materialnych. Wiem, ze to teoretycznie mozliwe, tak jak teoretycznie
mozliwe jest istnienie osmiornicy, ale ja po prostu nie umiem sobie
wyobrazic bycia osmiornicą.
> Ustawiasz się w takiej
> pozycji, że ex definitione żadna wyższa refleksja nie ma do Ciebie
> dostępu.
Ma, ale przefiltrowana przez ironie.
> No i co z tego, że musisz smieci wyrzucać i pieluchy zmieniać?
> Nikt tu nie żyje eterycznym życiem aniołów. Na dłuższą metę bardzo
> smutny jest żywot ironisty.
Mi tego nie musisz mowic ;-).
> Napisz wreszcie jakąs SF serio, dobrze? "Śnieżka" naprawdę była niczego
> sobie.
Dzieki. Postaram sie.
Wojciech Orlinski
> Uważam sam pomysł za interesujący. Chciałbym zwrócić uwagę na jeszcze jeden
> problem. Jeżeli możliwe stałoby się stworzenie takiego człowieka to
> powstałoby miejsce niezagospodarowane przez bakteria i wirusy.
Bakterii to nie dotyczy. Homo unc. bylby dokladnie tak samo podatny na
bakterie jak kazdy. Nie balby sie tylko wirusow i niepozadanej ciazy
(dwa problemy dotyczace wylacznie kompatybilnych ;-)).
January Weiner
> Czlowieka Niekompatybilnego. Jesli dobrze rozumiem, translacja DNA
> polega na tym, ze molekuly tRNA odczytują trojki par zasad i podczepiają
> odpowiednie aminokwasy do syntezowanego bialka. Czlowiek Niekompatybilny
> mialby sztucznie podmienione tRNA, przez to jego metabolizm bylby
> identyczny ze zwyklym czlowiekiem - tylko ze aminokwasy bylyby kodowane
> inaczej. Innymi trojkami po prostu.
Hm. Teoretycznie to by się chyba dało, pomysł jest po prostu piękny.
Chapeau au bas! Widzę jednak parę problemów.
Po pierwsze, wykonanie. Trzeba by było zsyntetyzować de novo cały genom
ludzki. Bardziej fiction niż science. Lot na Alpha Centauri jest bardziej
realistyczny (no bo np. może i niedługo zsekwencjonowane będą wszystkie
geny, ale pozostałe sekwencje prawie na pewno nie do końca, a one wcale nie
są pozbawione znaczenia).
Po drugie, trzeba by było zrobić to bardzo umiejętnie, tak, żeby np.
zachować proporcję par G/C do A/T w danych rejonach. Wiązanie między G a C
jest prawie dwukrotnie silniejsze od wiązania międza A i T, i to ma
zasadniczy wpływ na siłę, z jaką przylegają do siebie obie nici DNA. Np. w
rejonach, w których nici muszą być oddzielone od siebie, żeby dobrać się do
genów, zawartość GC jest bardzo niska. Bob jeden wie jakie znaczenie
miałoby pojawienie się tu i ówdzie rejonów o diametralnie zmienionej
zawartości GC, a to z kolei byłoby nieuniknionym rezultatem zmiany kodu
genetycznego (prosta kombinatoryka).
Po trzecie, DNA to nie tylko sekwencja, ale też i bardzo złożona
struktura, i nie mówię tylko o podwójnej helisie. DNA to taka elastyczna
drabinka, a to, w którą stronę i jak się wygina zależy od właściwości
poszczególnych szczebelków. Te wygięcia zasię wpływają zaś na a) wiązanie
białek do danych rejonów DNA, czyli per procura na regulację ekspresji b)
topologię DNA.
Dalej. Istnieje coś takiego jak wobbling. tRNA nie zawsze wiążą się
idealnie z odpowiadającym im kodonem, a tylko kodonem który wystarczająco
silnie wiąże się z antykodonem; z tym, że kod genetyczny jest tak
urządzony, że zazwyczaj ten inny kodon odpowiada za ten sam aminokwas.
Nieprzypadkowo wszystkie kodony waliny to "GU-cośtam". Trzeba byłoby więc
zastępować tRNA całymi rodzinami, np. lizyny zamieniamy na leucyny i
odwrotnie. Tyle że rodziny tRNA są różnie liczne, i tu dochodzimy do
kolejnego problemu.
Otóż zużytkowanie kodonów nie jest przypadkowe. Poziomy synonimowych
(tzn. kodujących ten sam aminokwas) tRNA w komórce oraz zużytkowanie
kodonów w danym genie są w ścisłym związku (natura tego związku nie jest
pewna, jest kilka modeli). Na przykład, jeśli gen zawiera kodon, dla
którego odpowiadającego mu tRNA jest mało w komórce, to synteza białka
będzie trwała dłużej. Poziomy tRNA zaś regulowane są m.in. liczbą
kopii genów tRNA w genomie.
Jeszcze jedna sprawa: zwłaszcza w przypadku eukariontów olbrzymie znaczenie
dla syntezy genów ma struktura i sekwencja mRNA, bo przecież trzeba z niego
wyciąć rejony nie kodujące. A to nam się zupełnie pozajączkuje jak
zmienimy, i to zupełnie, sekwencję.
Podsumowując, kod genetyczny nie jest całkiem przypadkowy. Być może spośród
4^3 * 4^3 kombinacji istnieje jedna albo dwie które mogłyby bez problemów
zastąpić istniejący, a i za to głowy bym nie dał.
Ale mam propozycję modyfikacji, która by być może pozwoliła nam się
pozbyć części kłopotów. Zamieńmy ze sobą dwa kodony: na przykład "UGA" i
"UGG". Po pierwsze, są do siebie podobne, więc nie chrzanimy za bardzo
zawartości GC. "UGA" to stop, "UGG" to tryptofan. Dalej, UGG jest jedynym
kodonem tryptofanu, więc wpływamy na wszystkie białka zawierające
tryptofan. No i stosunkowo łatwiej jest podstawić ileśtam set tysięcy
wystąpień tryptofanu niż zsyntetyzować de novo 3 Gbp (3 miliardy par zasad).
Tylko że tego nie mógłbyś już opatentować, bo istnieje prior art.
Mykoplazmy, czyli bakterie którymi się zajmuję, mają dwa kodony tryptofanu:
UGG oraz właśnie UGA. Dzięki temu wokół mnie po laboratorium biega banda
frustratów. Jeśli chcesz wyprodukować jakieś białko mykoplazmy w E.coli (co
się robi standardowo po to, żeby to białko lepiej badać -- E.coli łatwiej
manipulować i o wiele szybciej rosną), i jeśli to białko będzie miało w
środku tryptofan kodowany przez "UGA", to w E.coli w tym miejscu urwie się
translacja.
> pomysl w ogole dawalby owemu Niekompatybilnemu jakies realne korzysci, w
> postaci odpornosci na infekcje wirusowe. Kod wirusa w jego organizmie
> dawalby jakies bezsensowne bialka i wirus nie moglby sie rozmnazac.
> Wyobrazam sobie, ze projekt Homo Unc. bylby na przyklad ostatnia szansa
> ludzkosci na przetrwanie w obliczu jakiejs straszliwej zarazy. Ale z
Heh, ja podejrzewam że mogłoby wręcz być odwrotnie.
Po pierwsze, wirusy ewoluują bardzo szybko, a geny latają w te i we w tę. A
weź pod uwagę, że w człowieku żyje i ma się dobrze całkiem skomplikowany
ekosystem złożony z bakterii, które też mają własne wirusy (bakteriofagi), i
który mógłby dla owych wirusów być niezłym przyczółkiem -- platformą
wypadową dla powstawania nowych infekcji.
Po drugie, takie systemy rozpoznawania własnego DNA w zasadzie istnieją w
przyrodzie: metylacja DNA, enzymy restrykcyjne rozpoznające określone
sekwencje... i zawsze znalazł się jakiś przeciw-środek. Czerwona Królowa,
Wojtku.
Podejrzewam więc, że bardzo szybko pojawiłyby się nowe wirusy. A nowe
wirusy, w sytuacji gdy taki człowiek ma układ immunologiczny w zasadzie
dziewiczy mogłyby się okazać bardzo, ale to bardzo zabójcze.
> Przyrode zupelnie przypadkowo i nie ma to zadnego znaczenia czy dana
> glicyna jest kodowana tak czy siak?
Może na początku było w tym dużo przypadku, ale teraz do tego systemu
zostało dopasowane mnóstwo mechanizmów -- patrz wyżej. Trzeba by było
wszystko odpowiednio zmodyfikować.
Serdeczności,
j.
--
----)-\//-///-----------------------------------January-Weiner-3-------
Unix soit qui mal y pense!
January Weiner
> Hmmm... A jak się taki unc_homek zapomni ze zwykłą panienką albo vice
> versa, to co się urodzi?
Nic. Podejrzewam że embrion obumrze w bardzo wczesnym stadium rozwoju. Z
początku białka w komórce jajowej i zygocie są syntetyzowane na podstawie
matczynego RNA; potem dochodzi do ekspresji genów nowej zygoty, ale cała
aparatura pochodzi z komórki jajowej. W efekcie połowa nowo syntetyzowanych
białek byłaby niefunkcjonalna / szkodliwa.
j.
--
----)-\//-///-----------------------------------January-Weiner-3-------
"Quid ergo est, Porcelle?" dixit Christophorus Robinus lectulo exsurgens.
"Heff," dixit Porcellus anhelitum ducens ut vix loqui posset,
"heff--heff--heffalumpus!"
January Weiner
> Prawdopodobnie nic - komorka jajowa, ktora nie bedzie sie mogla nawet
> podzielic. Co za oszczednosc na antykoncepcji i brak strachu przed
Będzie, będzie. Nie pamiętam, ile podziałów u człowieka następuje *zanim* w
ogóle zaczyna się transkrypcja.
j.
--
----)-\//-///-----------------------------------January-Weiner-3-------
Gene Police -- YOU! Out of the pool!
Wojciech Gołąbowski
Śmiem twierdzić (choć nie jestem biologiem), że JUŻ istnieją wirusy (or sth)
mogące stanowić dla w/w śmiertelne niebezpieczeństwo - choćby poprzez brak
jakiegokolwiek lekarstwa.
Wojtek
--
, Wojciech "Voqo" Gołąbowski
. / ,'. ,'| ,'. vo...@kki.net.pl http://wojtek.rotfl.eu.org
\/ `.' `.| `.' "Lubię pracę. Praca mnie fascynuje. Potrafię godzinami
---------- | --- siedzieć i przyglądać się jej." Jerome K. Jerome
---> http://www.esensja.pl <---
Boni Sułkowski
news:8tu0cm$5fte$3...@fu-berlin.de...
> Po trzecie, DNA to nie tylko sekwencja, ale też i bardzo złożona
> struktura, i nie mówię tylko o podwójnej helisie. DNA to taka elastyczna
> drabinka, a to, w którą stronę i jak się wygina zależy od właściwości
> poszczególnych szczebelków. Te wygięcia zasię wpływają zaś na a) wiązanie
> białek do danych rejonów DNA, czyli per procura na regulację ekspresji b)
> topologię DNA.
Jako zupełna i całkowita lama z biologii spytam - czy są do pomyślenia (bez
pół litra na głowę ;-) inne niż DNA molekuły czy polimery kodujące białka?
> ----)-\//-///-----------------------------------January-Weiner-3-------
--
Boni
Wojciech Orlinski
> > Bakterii to nie dotyczy. Homo unc. bylby dokladnie tak samo podatny na
> > bakterie jak kazdy. Nie balby sie tylko wirusow i niepozadanej ciazy
> > (dwa problemy dotyczace wylacznie kompatybilnych ;-)).
>
> Śmiem twierdzić (choć nie jestem biologiem), że JUŻ istnieją wirusy (or sth)
> mogące stanowić dla w/w śmiertelne niebezpieczeństwo - choćby poprzez brak
> jakiegokolwiek lekarstwa.
Ale ten wirus nie bedzie dzialac. Wirus w jego komorce zachowa sie
dokladnie tak, jak binaria pecetowe na mekintoszu - w najlepszym wypadku
zawiesi system (czyli uszkodzi pojedyncza komorke), ale nie bedzie sie
mogl rozmnazac.
January Weiner
> Jako zupełna i całkowita lama z biologii spytam - czy są do pomyślenia (bez
> pół litra na głowę ;-) inne niż DNA molekuły czy polimery kodujące białka?
No.... RNA :) Wbrew pozorom nie jest aż tak podobne do DNA jak by się
wydawało, ma kupę zupełnie odmiennych właściwości.
A poza tym, to trudno sobie coś wyobrazić.
j.
--
----)-\//-///-----------------------------------January-Weiner-3-------
Piszac to nasuwa sie pytanie, czy taki czlowiek moze byc prawdziwym robociarzem
na ktorym Polska Demokratyczna winna sie opierac.
Boni Sułkowski
> [ Boni Sułkowski ]
> > Jako zupełna i całkowita lama z biologii spytam - czy są do pomyślenia
(bez
> > pół litra na głowę ;-) inne niż DNA molekuły czy polimery kodujące
białka?
> No.... RNA :) Wbrew pozorom nie jest aż tak podobne do DNA jak by się
> wydawało, ma kupę zupełnie odmiennych właściwości.
To wiem, ale chodzi mi o coś innego ;-)
> A poza tym, to trudno sobie coś wyobrazić.
Ale trudno na zasadzie "bo nie ma nic innego" czy mechanizm replikacji
białek _musi_ się opierać na RNA/DNA?
> ----)-\//-///-----------------------------------January-Weiner-3-------
--
Boni
Wojciech Orlinski
> > Czlowieka Niekompatybilnego. Jesli dobrze rozumiem, translacja DNA
> > polega na tym, ze molekuly tRNA odczytują trojki par zasad i podczepiają
> > odpowiednie aminokwasy do syntezowanego bialka. Czlowiek Niekompatybilny
> > mialby sztucznie podmienione tRNA, przez to jego metabolizm bylby
> > identyczny ze zwyklym czlowiekiem - tylko ze aminokwasy bylyby kodowane
> > inaczej. Innymi trojkami po prostu.
>
> Hm. Teoretycznie to by się chyba dało, pomysł jest po prostu piękny.
> Chapeau au bas!
Co robi WO, kiedy ktos mu powie cos sympatycznego? Od razu stara sie
wymyslic mozliwie jak najmniej sympatyczna odpowiedz, np: 'Eeeeee...
moje resztki francuskiego mowia mi, ze to 'au' w srodku jest zbedne...'.
> Po pierwsze, wykonanie. Trzeba by było zsyntetyzować de novo cały genom
> ludzki. Bardziej fiction niż science. Lot na Alpha Centauri jest bardziej
> realistyczny (no bo np. może i niedługo zsekwencjonowane będą wszystkie
> geny, ale pozostałe sekwencje prawie na pewno nie do końca, a one wcale nie
> są pozbawione znaczenia).
Technicznie oczywiscie ze bedzie to trudne, ale to jest pomysl na rok -
powiedzmy - 2050 (sory, ostatnio myslami ciagle przebywam w Deus Exie).
A sam chyba wiesz, jak potezny jest postep w biologii molekularnej,
tutaj niemalze dziala komputerowe prawo Moore'a. Ja z tym mam stycznosc
tylko od strony ogladania reklam w Nature, ale to juz mi daje do
myslenia. Maszynerie do sekwencjoniwania DNA i syntetyzowania
biopolimerow sa po prostu z roku na rok coraz szybsze. Teraz
zsyntentyzowanie pieciu miliardow par zasad jest technicznie niemozliwe
- ale dokladnie na tej samej zasadzie, na jakiej procesor taktowany
gigahercem byl niewyobrazalny w roku 1980.
> Ale mam propozycję modyfikacji, która by być może pozwoliła nam się
> pozbyć części kłopotów. Zamieńmy ze sobą dwa kodony: na przykład "UGA" i
> "UGG". Po pierwsze, są do siebie podobne, więc nie chrzanimy za bardzo
> zawartości GC. "UGA" to stop, "UGG" to tryptofan. Dalej, UGG jest jedynym
> kodonem tryptofanu, więc wpływamy na wszystkie białka zawierające
> tryptofan. No i stosunkowo łatwiej jest podstawić ileśtam set tysięcy
> wystąpień tryptofanu niż zsyntetyzować de novo 3 Gbp (3 miliardy par zasad).
No wlasnie: a tryptofan jest na tyle krowiasty i chemicznie aktywny, ze
juz samo pojawienie sie jednej takiej molekuly w nietypowym miejscu
bedzie zabijac bialko.
> Tylko że tego nie mógłbyś już opatentować, bo istnieje prior art.
Po co patentowac? Ja sobie wyobrazam to raczej jako tajny projekt
jakiejs rzadowej agendy. Ostatecznie, gdyby robili jakiegos cyborga (jak
bohatera rzeczonej gry), mysl o tym, ze gosciu przypadkowo podlapie hiva
od jakiejs panienki musialaby im spedzac sen z powiek ;-).
> Mykoplazmy, czyli bakterie którymi się zajmuję, mają dwa kodony tryptofanu:
> UGG oraz właśnie UGA. Dzięki temu wokół mnie po laboratorium biega banda
> frustratów. Jeśli chcesz wyprodukować jakieś białko mykoplazmy w E.coli (co
> się robi standardowo po to, żeby to białko lepiej badać -- E.coli łatwiej
> manipulować i o wiele szybciej rosną), i jeśli to białko będzie miało w
> środku tryptofan kodowany przez "UGA", to w E.coli w tym miejscu urwie się
> translacja.
Rany, ale Ty jeszcze nie masz technicznej mozliwosci sprawdzenia tego
eksperymentalnie w czasie przerwy na lunch? Czy tez technika az tak
skoczyla na przod od kiedy o tym ostatni raz czytalem?
> > pomysl w ogole dawalby owemu Niekompatybilnemu jakies realne korzysci, w
> > postaci odpornosci na infekcje wirusowe. Kod wirusa w jego organizmie
> > dawalby jakies bezsensowne bialka i wirus nie moglby sie rozmnazac.
> > Wyobrazam sobie, ze projekt Homo Unc. bylby na przyklad ostatnia szansa
> > ludzkosci na przetrwanie w obliczu jakiejs straszliwej zarazy. Ale z
>
> Heh, ja podejrzewam że mogłoby wręcz być odwrotnie.
>
> Po pierwsze, wirusy ewoluują bardzo szybko, a geny latają w te i we w tę. A
> weź pod uwagę, że w człowieku żyje i ma się dobrze całkiem skomplikowany
> ekosystem złożony z bakterii, które też mają własne wirusy (bakteriofagi), i
> który mógłby dla owych wirusów być niezłym przyczółkiem -- platformą
> wypadową dla powstawania nowych infekcji.
Hmmmm... hmmmm... o florze bakteryjnej w jelitach nie pomyslalem...
musialby facet unikac kefiru ;-).
Jacek Dukaj
>
> [ Boni Sułkowski ]
> > Jako zupełna i całkowita lama z biologii spytam - czy są do pomyślenia (bez
> > pół litra na głowę ;-) inne niż DNA molekuły czy polimery kodujące białka?
>
> No.... RNA :) Wbrew pozorom nie jest aż tak podobne do DNA jak by się
> wydawało, ma kupę zupełnie odmiennych właściwości.
>
> A poza tym, to trudno sobie coś wyobrazić.
Nawet jesli chodziłoby nie o ewolucję, lecz z góry pomyslany projekt?
I czy mam rozumieć, że każde napotkane w kosmosie życie białkowe _musi
się_ opierać na kodunku DNA/RNA?
JD
Wojciech Orlinski
> > A poza tym, to trudno sobie coś wyobrazić.
>
> Ale trudno na zasadzie "bo nie ma nic innego" czy mechanizm replikacji
> białek _musi_ się opierać na RNA/DNA?
Pewnie, ze nie musi, ale wymyslenie naprawde innego mechanizmu
wymagaloby juz nie podmienienia tRNA w komorce, tylko zrobienia zupelnie
nowej komorki z zupelnie od zera zaprojektowanym mechanizmem
polimeryzacji, transkrypcji, translacji itd. To juz raczej pomysl na
opowiadanie z roku 2100, a nie 2050. No i wtedy dopiero zaczyna sie
problem pt. 'czym gosciu mialby sie odzywiac' (w moim pomysle - mam
nadzieje - nieobecny).
Wojciech Gołąbowski
grup dyskusyjnych napisał:3A028CCA...@gazeta.pl...
> "Wojciech Gołąbowski" wrote:
>
> > > Bakterii to nie dotyczy. Homo unc. bylby dokladnie tak samo podatny na
> > > bakterie jak kazdy. Nie balby sie tylko wirusow i niepozadanej ciazy
> > > (dwa problemy dotyczace wylacznie kompatybilnych ;-)).
> >
> > Śmiem twierdzić (choć nie jestem biologiem), że JUŻ istnieją wirusy (or
sth)
> > mogące stanowić dla w/w śmiertelne niebezpieczeństwo - choćby poprzez
brak
> > jakiegokolwiek lekarstwa.
>
> Ale ten wirus nie bedzie dzialac. Wirus w jego komorce zachowa sie
> dokladnie tak, jak binaria pecetowe na mekintoszu - w najlepszym wypadku
> zawiesi system (czyli uszkodzi pojedyncza komorke), ale nie bedzie sie
> mogl rozmnazac.
Mam na myśli mikroorganizmy, o których istnieniu jeszcze nie wiemy, bo na
razie
nam nie przeszkadzają. Ale nie znam się.
January Weiner
> moje resztki francuskiego mowia mi, ze to 'au' w srodku jest zbedne...'.
Możliwe.
> Technicznie oczywiscie ze bedzie to trudne, ale to jest pomysl na rok -
> powiedzmy - 2050 (sory, ostatnio myslami ciagle przebywam w Deus Exie).
Hm, nie byłbym aż taki optymistyczny. 2050 jest bliżej niż się wydaje, a
mnie nie chodzi wyłącznie o problemy z sekwencjonowaniem tych 2-5% genomu
które pozostanie nieznanym po projekcie genomowym (bo, np., sekwencje
repetytywne bada się bardzo ciężko), ale o stworzeniu sztucznej chromatyny
/ sztucznych chromosomów. Nanizanie nitek DNA na histonowe koraliki, na
przykład. Zadbanie o to, żeby to, co trzeba było zmetylowane. I tak dalej.
Ale nie spierałbym się o daty, nie mam pojęcia, co będzie, i zgadzam się,
że postęp jest niesamowity.
> Po co patentowac? Ja sobie wyobrazam to raczej jako tajny projekt
> jakiejs rzadowej agendy. Ostatecznie, gdyby robili jakiegos cyborga (jak
> bohatera rzeczonej gry), mysl o tym, ze gosciu przypadkowo podlapie hiva
> od jakiejs panienki musialaby im spedzac sen z powiek ;-).
OK, zapomnij o patencie.
> Rany, ale Ty jeszcze nie masz technicznej mozliwosci sprawdzenia tego
> eksperymentalnie w czasie przerwy na lunch? Czy tez technika az tak
> skoczyla na przod od kiedy o tym ostatni raz czytalem?
Po co sprawdzać? My *wiemy* że tam jest ten tryptofan, bo mój szef
zsekwencjonował cały genom w 1996. Frustracja związana jest z
procesem skierowanej mutagenezy, który zależnie od sekwencji może
przebiegać przyjemnie albo sakramencko uciążliwie. Jest do mutagenezy
alternatywa, tzn. plazmid supresorowy z genem Trp-UGA-tRNA, ale ma
wydajność mniej więcej 50%, tak że przy dwóch tryptofanach robi się 25%,
przy trzech 12,5%... w sumie nie najlepiej to działa.
> Hmmmm... hmmmm... o florze bakteryjnej w jelitach nie pomyslalem...
> musialby facet unikac kefiru ;-).
No jeszcze jest cały ekosystem na skórze... wszystkie te stafylokoki. I
zęby. I włosy. I tak dalej...
Z zamianą samego tylko tryptofanu będzie jeszcze inny problem -- otóż
takiemu wirusowi wystarczy zaledwie parę mutacji żeby przystosować się do
zmienionych komórek. Jeśli bakteriofagi są w stanie tak wyewoluować, żeby
ich genom nie zawierał sekwencji rozpoznawanych przez enzymy restrykcyjne,
to i mogą wyewoluować tak, żeby zamiast UGA było zawsze UAA, a alternatywy
dla tryptofanu też się znajdą.
j.
--
----)-\//-///-----------------------------------January-Weiner-3-------
Nowe badania wykazaly ze prawdopodobienstwo zarazenia sie plcia od rodzica
jeszcze na etapie zycia plodowego wynosi az 50%. [AJ]
Wojciech Orlinski
> > Technicznie oczywiscie ze bedzie to trudne, ale to jest pomysl na rok -
> > powiedzmy - 2050 (sory, ostatnio myslami ciagle przebywam w Deus Exie).
>
> Hm, nie byłbym aż taki optymistyczny. 2050 jest bliżej niż się wydaje, a
> mnie nie chodzi wyłącznie o problemy z sekwencjonowaniem tych 2-5% genomu
> które pozostanie nieznanym po projekcie genomowym (bo, np., sekwencje
> repetytywne bada się bardzo ciężko), ale o stworzeniu sztucznej chromatyny
> / sztucznych chromosomów. Nanizanie nitek DNA na histonowe koraliki, na
> przykład.
Na to jest magiczne slowko 'nanotechnologia' ;-).
> > Hmmmm... hmmmm... o florze bakteryjnej w jelitach nie pomyslalem...
> > musialby facet unikac kefiru ;-).
>
> No jeszcze jest cały ekosystem na skórze... wszystkie te stafylokoki. I
> zęby. I włosy. I tak dalej...
Uwazam, ze wlosy sa czlowiekowi potrzebne jak, nie przymierzajac,
logowanie na wlasnym komputerze...
> Z zamianą samego tylko tryptofanu będzie jeszcze inny problem -- otóż
> takiemu wirusowi wystarczy zaledwie parę mutacji żeby przystosować się do
> zmienionych komórek. Jeśli bakteriofagi są w stanie tak wyewoluować, żeby
> ich genom nie zawierał sekwencji rozpoznawanych przez enzymy restrykcyjne,
> to i mogą wyewoluować tak, żeby zamiast UGA było zawsze UAA, a alternatywy
> dla tryptofanu też się znajdą.
To prawda, wyglada na to, ze zeby to bylo sensowne, trzeba by zmienic
calusienki kod - bo jesli to bedzie kwestia mutacji punktowych, wirusy
przystosuja sie natychmiast. A tak to zabierze im to jednak paredziesiat
lat (ostatecznie, prostsza sprawa - jak adaptacja wirusa zwierzecego do
organizmu ludzkiego - tez trwa jednak lata).
Piotr Kapis
[ciach]
>
> > > Hmmmm... hmmmm... o florze bakteryjnej w jelitach nie pomyslalem...
> > > musialby facet unikac kefiru ;-).
> >
> > No jeszcze jest cały ekosystem na skórze... wszystkie te stafylokoki. I
> > zęby. I włosy. I tak dalej...
>
> Uwazam, ze wlosy sa czlowiekowi potrzebne jak, nie przymierzajac,
> logowanie na wlasnym komputerze...
>
Przepraszam że się wtrącam, ale czy mogę to ostatnie zdanie wziąść do
sygnaturki? Jest piękne.
[drugi ciach]
> --
> -----------------------------------------------
> Wojciech Orlinski 'de omnibus dubitandum'
> http://www.geocities.com/CapitolHill/2594
>
> Error 403: Access denied. You are not authorized
> to read this signature.
>
--
Pozdrawiam,
Piotr "Codiac" Kapis
Now leave upon the instant, before the searing winds of infinity
scorch thy worthless carcass!
January Weiner
> Ale trudno na zasadzie "bo nie ma nic innego" czy mechanizm replikacji
> białek _musi_ się opierać na RNA/DNA?
Cholera wie. Nie wiem, może nie musi. Powiem więcej: pewne białka można
syntetyzować chemicznie bez udziału DNA/RNA. Ich sekwencja zależy od
eksperymentatora. Wyobraź sobie teraz, że zamiast eksperymentatora jest
komputer zarządzający syntetyzatorem. Program w komputerze ewoluuje. W
pewnym sensie, mechanizm replikacji białek będzie się więc opierał o RAM /
HDD, a nie DNA / RNA :)
Jest jeden znany ze świata żywego przypadek propagowania informacji z
białka na białko bez udziału DNA/RNA -- priony. Ale w pewnym sensie taki
prion zawiera 1 bit informacji (prion dobry / prion zły). Sekwencja jednego
nukleotydu zawiera już dwa. Aby móc syntetyzować białka o dziesięciu
aminokwasach, potrzeba 21^10 bitów.
j.
--
----)-\//-///-----------------------------------January-Weiner-3-------
I have wrestled with reality for twenty-five years and I'm happy to state that
I finally won over it.
January Weiner
>> A poza tym, to trudno sobie coś wyobrazić.
> Nawet jesli chodziłoby nie o ewolucję, lecz z góry pomyslany projekt?
> I czy mam rozumieć, że każde napotkane w kosmosie życie białkowe _musi
> się_ opierać na kodunku DNA/RNA?
Napisałem, że trudno sobie coś wyobrazić, w sensie: trudno mi sobie coś
takiego wyobrazić w konkretach. Nie napisałem, że musi. Nie musi,
oczywiście. Swego czasu furorę robiły kryształy glinokrzemianów jako
możliwy pomost między materią nieożywioną a żywą (bo a) mogą się,
ograniczenie, samoreplikować b) może w oparciu o nie powstawały białka).
Trzeba by zaprojektować białka, które "czytają" coś innego niż RNA, i na
podstawie tego syntetyzują inne białka. Dość łatwo mógłbym sobie wyobrazić
wykorzystanie PNA -- "Peptide Nucleic Acids", nazwa błędna, bo to nie są
kwasy. W cząstce DNA miast deoksyrybozy i kwasu fosforowego jest szkielet
peptydowy -- tak że PNA to takie jakby białko. Ale i tak ma "normalne"
reszty zasad purynowych i pirymidynowych, i może hybrydyzować z DNA / RNA.
Mógłbym sobie wyobrazić skonstruowanie mechanizmu replikacyjnego opartego
na czymś takim (no bo nie trzeba zaczynać zupełnie od zera), tylko że Wam
chyba nie całkiem o to chodzi -- bo to zbyt przypomina DNA / RNA. No i
właściwości czegoś takiego nie sposób przewidzieć. Prawie na pewno też nie
obyłoby się bez daleko idących modyfikacji enzymów syntetyzujących białka i
replikujących materiał genetyczny (tzn. rybosomów i polimeraz), boć wszak
grzbiet tych PNA wygląda zupełnie inaczej.
j.
--
----)-\//-///-----------------------------------January-Weiner-3-------
Jesli zgodzimy sie, ze choroba to stan nienormalny, to do rozstrzygania tego,
co jest normalne a co nie, powolani sa filozofowie.[WO]
January Weiner
> przystosuja sie natychmiast. A tak to zabierze im to jednak paredziesiat
> lat (ostatecznie, prostsza sprawa - jak adaptacja wirusa zwierzecego do
> organizmu ludzkiego - tez trwa jednak lata).
Skąd te informacje?
j.
--
----)-\//-///-----------------------------------January-Weiner-3-------
Science is true -- don't be misled by facts.
Jacek Dukaj
>
> [ Jacek Dukaj ]
> >> A poza tym, to trudno sobie coś wyobrazić.
>
> > Nawet jesli chodziłoby nie o ewolucję, lecz z góry pomyslany projekt?
> > I czy mam rozumieć, że każde napotkane w kosmosie życie białkowe _musi
> > się_ opierać na kodunku DNA/RNA?
>
> Napisałem, że trudno sobie coś wyobrazić, w sensie: trudno mi sobie coś
> takiego wyobrazić w konkretach. Nie napisałem, że musi. Nie musi,
> oczywiście. Swego czasu furorę robiły kryształy glinokrzemianów jako
> możliwy pomost między materią nieożywioną a żywą (bo a) mogą się,
> ograniczenie, samoreplikować b) może w oparciu o nie powstawały białka).
Białka na glinokrzemianach? Jak?
> Trzeba by zaprojektować białka, które "czytają" coś innego niż RNA, i na
> podstawie tego syntetyzują inne białka. Dość łatwo mógłbym sobie wyobrazić
> wykorzystanie PNA -- "Peptide Nucleic Acids", nazwa błędna, bo to nie są
> kwasy. W cząstce DNA miast deoksyrybozy i kwasu fosforowego jest szkielet
> peptydowy -- tak że PNA to takie jakby białko. Ale i tak ma "normalne"
> reszty zasad purynowych i pirymidynowych, i może hybrydyzować z DNA / RNA.
> Mógłbym sobie wyobrazić skonstruowanie mechanizmu replikacyjnego opartego
> na czymś takim (no bo nie trzeba zaczynać zupełnie od zera), tylko że Wam
> chyba nie całkiem o to chodzi -- bo to zbyt przypomina DNA / RNA. No i
> właściwości czegoś takiego nie sposób przewidzieć. Prawie na pewno też nie
> obyłoby się bez daleko idących modyfikacji enzymów syntetyzujących białka i
> replikujących materiał genetyczny (tzn. rybosomów i polimeraz), boć wszak
> grzbiet tych PNA wygląda zupełnie inaczej.
Jest jeszcze kwestia skrętnosci, ponoć zdecydowanej przypadkowo. Do
jakiego stopnia taka różnica stanowi barierę?
Tak w ogóle przesladuje mnie idea dwóch (lub więcej) ekosystemów
zajmujących tę samą przestrzeń fizyczną, a zupełnie nieprzenikalnych dla
siebie biologicznie (do tego stopnia, że niezauważalnych w mysl
definicji Snerga) - tak, że wyewoluowałe z nich inteligencje dedukują o
sobie ze zjawisk posrednich. Ekstremum (chyba niemożliwym) byłoby
pomieszanie podstaw chemicznych (wegiel, krzem, german itp.). Zbliżył
się trochę Card z descoladą, ale tam własnie to była jedna biologia,
jeden ekosystem. Czy są możliwe jednoczesne, równoległe ewolucje? Chyba
nie, nawet mimo barier biochemii trwałoby współzawodnictwo w tych samych
niszach. Chyba że własnie nisze całkowicie różne...
Swego czasu NF drukowała serię artykułów (bodajże Przewodasa)
opisujących scieżki alternatywnej ewolucji. Były tam rozmaite cuda, w
rodzaju kodunku dwuzasadowego, trójhelis itp.
JD
Boni Sułkowski
news:3A029439...@gazeta.pl...
> "Boni Sułkowski" wrote:
>
> > Ale trudno na zasadzie "bo nie ma nic innego" czy mechanizm replikacji
> > białek _musi_ się opierać na RNA/DNA?
> Pewnie, ze nie musi, ale wymyslenie naprawde innego mechanizmu
> wymagaloby juz nie podmienienia tRNA w komorce, tylko zrobienia zupelnie
> nowej komorki z zupelnie od zera zaprojektowanym mechanizmem
> polimeryzacji, transkrypcji, translacji itd. To juz raczej pomysl na
> opowiadanie z roku 2100, a nie 2050. No i wtedy dopiero zaczyna sie
> problem pt. 'czym gosciu mialby sie odzywiac' (w moim pomysle - mam
> nadzieje - nieobecny).
>
polimerze i metaboliźmie, ale _białkowych_. Czyli pewne cechy są zbliżone do
naszego ciała, ale są też grube różnice.
> Wojciech Orlinski 'de omnibus dubitandum'
--
Boni
Boni Sułkowski
> [ Jacek Dukaj ]
> >> A poza tym, to trudno sobie coś wyobrazić.
>
> podstawie tego syntetyzują inne białka. Dość łatwo mógłbym sobie wyobrazić
> wykorzystanie PNA -- "Peptide Nucleic Acids"
Właśnie o takie rzeczy mi chodziło - a co jeszcze możesz sobie wyobrazić ?
;-)))
> ----)-\//-///-----------------------------------January-Weiner-3-------
--
Boni
Wojciech Orlinski
> > Napisałem, że trudno sobie coś wyobrazić, w sensie: trudno mi sobie coś
> > takiego wyobrazić w konkretach. Nie napisałem, że musi. Nie musi,
> > oczywiście. Swego czasu furorę robiły kryształy glinokrzemianów jako
> > możliwy pomost między materią nieożywioną a żywą (bo a) mogą się,
> > ograniczenie, samoreplikować b) może w oparciu o nie powstawały białka).
>
> Białka na glinokrzemianach? Jak?
Nie same bialka, tylko sposob, w jaki kodowana jest sekwencja bialek.
> Jest jeszcze kwestia skrętnosci, ponoć zdecydowanej przypadkowo. Do
> jakiego stopnia taka różnica stanowi barierę?
O ile mi wiadomo, do zadnego. Dla chemika enancjomery sa zupelnie
rownowazne - produktem reakcji chemicznych jest racemat, czyli mieszanka
fifty-fifty. Dopiero dla biologa jedna odmiana moze byc trucizna, a
druga waznym skladnikiem pozywienia albo lekarstwem (jak w slynnej
sprawie talidomidu). Nie dlatego, ze sie czyms roznia, tylko dlatego, ze
odpowiednio reaguja na nia enzymy i cala chemiczna maszyna zywego
organizmu (ktora tez jest skretna).
> Tak w ogóle przesladuje mnie idea dwóch (lub więcej) ekosystemów
> zajmujących tę samą przestrzeń fizyczną, a zupełnie nieprzenikalnych dla
> siebie biologicznie (do tego stopnia, że niezauważalnych w mysl
> definicji Snerga) - tak, że wyewoluowałe z nich inteligencje dedukują o
> sobie ze zjawisk posrednich.
Obawiam sie, ze w przypadku dwoch roznych skretnosci jeden ekosystem
musialby po prostu drugi zabic. Innoskretne jablko mogloby byc dla
Ciebie smiertelna trucizna. Chocby wymieniajac sie bakteriami,
L-czlowiek i R-czlowiek nieustannie sprzedawaliby sobie jakies strasznie
niebezpieczne syfy. Przetrwalby ten ekosystem, ktory mialby odrobinke
wiecej szczescia. Nawiasem mowiac, to moze byc zabawny pomysl na
opowiadanie - wyobrazmy sobie, ze jakas czesc ziemskiej populacji ulega
przenicowaniu, np. z powodu awarii akceleratora grawitonow w CERNie,
ktora lokalnie znieksztalcila metryke czasoprzetrzeni ;-). Po krwawej
wojnie w koncu powstaje getto - oddzielone pasem ziemi niczyjej,
regularnie dezynfekowanej, strzezonej przez bezludne systemy obronne.
Ale nikt, poza zwierzetami, nie probuje tej granicy forsowac - to byloby
samobojstwo. Hm, z drugiej strony otoczeniem CERNu sa przeciez banki i
sejfy - wprawdzie banknoty, ktore sie znalazly w sferze wypadku
zamienily sie w swoje lustrzane odbicia, ale zostaly jeszcze sztaby
zlota, ktore spokojnie mozna przetopic. Do getta nieustannie probuja
wiec przenikac samobojczy smialkowie. Mozna by wymyslic jakis fajny
tytul bedacy wariantem 'Pecunia non olet' - jak powiedziec po lacinie
'Pieniadze nie sa optycznie czynne'?
--
-----------------------------------------------
Wojciech Orlinski 'de omnibus dubitandum'
Boni Sułkowski
> [ Boni Sułkowski ]
> > Ale trudno na zasadzie "bo nie ma nic innego" czy mechanizm replikacji
> > białek _musi_ się opierać na RNA/DNA?
>
> Cholera wie. Nie wiem, może nie musi. Powiem więcej: pewne białka można
> syntetyzować chemicznie bez udziału DNA/RNA. Ich sekwencja zależy od
> eksperymentatora. Wyobraź sobie teraz, że zamiast eksperymentatora jest
> komputer zarządzający syntetyzatorem. Program w komputerze ewoluuje. W
> pewnym sensie, mechanizm replikacji białek będzie się więc opierał o RAM /
> HDD, a nie DNA / RNA :)
Takie coś stosuje się, nawet przemysłowo - to są algorytmy genetyczne.
Chodzi mi bardziej o to co możliwe w biologii, bo co możliwe w komputerach,
to się trochę orientuję ;-)))
> ----)-\//-///-----------------------------------January-Weiner-3-------
--
Boni
Marek Krukowski
> Tak w ogóle przesladuje mnie idea dwóch (lub więcej) ekosystemów
> zajmujących tę samą przestrzeń fizyczną, a zupełnie nieprzenikalnych dla
> siebie biologicznie (do tego stopnia, że niezauważalnych w mysl
> definicji Snerga) - tak, że wyewoluowałe z nich inteligencje dedukują o
> sobie ze zjawisk posrednich. Ekstremum (chyba niemożliwym) byłoby
> pomieszanie podstaw chemicznych (wegiel, krzem, german itp.). Zbliżył
> się trochę Card z descoladą, ale tam własnie to była jedna biologia,
> jeden ekosystem. Czy są możliwe jednoczesne, równoległe ewolucje? Chyba
> nie, nawet mimo barier biochemii trwałoby współzawodnictwo w tych samych
> niszach. Chyba że własnie nisze całkowicie różne...
Ale replikacja w takim ekosystemie mogłaby opierać się na zupełnie
innych podstawach niż łańcuchy zasad i aminokwasów. Mogłyby się
replikować - bo ja wiem - układy cząsteczek gazu (co my wiemy o tym co
naprawdę się dzieje w powietrzu?). Tyle tylko, że energia rozpraszałaby
się wolniej, niż wskaszywałyby teoretyczne wyliczenia - albo i to nie,
bo te wyliczenia byłyby od zawsze obarczone tym błędem. Albo mogłoby to
być coś co w swojej pysze w ogóle odrzucamy, odcienie różnic między
cząstkami, kwarkami, zbyt subtelne dla nas, którym wystarcza masa, spin
i ładunek elektryczny. No a oczywiście najzabawniej by było, jakbyśmy
tylko my nie zauważali drugiej, siódmej, dziewiętnastej strony.
Marek Krukowski
--
kruk...@use.pl
_______________
Pytania kłamią.
Ufko
<W.Orl...@gazeta.pl> wrote:
>filtruja ;-), prosilbym o dwa zdania komentarza. Po pierwsze, czy taki
>pomysl w ogole dawalby owemu Niekompatybilnemu jakies realne korzysci, w
>postaci odpornosci na infekcje wirusowe. Kod wirusa w jego organizmie
>dawalby jakies bezsensowne bialka i wirus nie moglby sie rozmnazac.
"[...] viruses could easily provide a way for new genes never before
encountered by a species to become part of its genome. That viruses
install new genes into their hosts is not speculative — it is a well
known fact. " B.Klyce
Wiecej -> http://www.geneticengineering.org/evolution/virus.html
>Wyobrazam sobie, ze projekt Homo Unc. bylby na przyklad ostatnia szansa
>ludzkosci na przetrwanie w obliczu jakiejs straszliwej zarazy.
"There is no time, to wait for Darwinian evolution, to make us more
intelligent, and better natured. But we are now entering a new phase,
of what might be called, self designed evolution, in which we will be
able to change and improve our DNA." S.Hawking.
Wiecej -> http://www.geneticengineering.org/evolution/hawking.html
Ufko.
PS Fragment z http://www.geneticengineering.org/
"Warning: this web site can change your life for ever,
leave now if you feel uncomfortable, because [blah, blah, blah...]
--
If you expected it to be easy, you should have become a politician.
Boni Sułkowski
> January Weiner wrote:
> > Hm, nie byłbym aż taki optymistyczny. 2050 jest bliżej niż się wydaje, a
> > mnie nie chodzi wyłącznie o problemy z sekwencjonowaniem tych 2-5%
genomu
> > które pozostanie nieznanym po projekcie genomowym (bo, np., sekwencje
> > repetytywne bada się bardzo ciężko), ale o stworzeniu sztucznej
chromatyny
> > / sztucznych chromosomów. Nanizanie nitek DNA na histonowe koraliki, na
> > przykład.
>
> Na to jest magiczne slowko 'nanotechnologia' ;-).
>
Chciałeś powiedzieć - "idiotyczne" ;-)
> Wojciech Orlinski 'de omnibus dubitandum'
--
Boni
Boni Sułkowski
news:3A02A8D4...@zetosa.com.pl...
> Tak w ogóle przesladuje mnie idea dwóch (lub więcej) ekosystemów
> zajmujących tę samą przestrzeń fizyczną, a zupełnie nieprzenikalnych dla
> siebie biologicznie (do tego stopnia, że niezauważalnych w mysl
> definicji Snerga) - tak, że wyewoluowałe z nich inteligencje dedukują o
> sobie ze zjawisk posrednich. Ekstremum (chyba niemożliwym) byłoby
> pomieszanie podstaw chemicznych (wegiel, krzem, german itp.).
[...]
Ale to IMO nieprawdopodobne - biologia to suma chemii i fizyki, ekosystemy
nie mające części wspólnych, nie mogą mieć wspólnej fizyki, nie tylko
chemii. Sam mam pomysł na problematyczny kontakt z alienami "fizycznymi
inaczej", ale to nic odkrywczego ;-)
> JD
--
Boni
Jacek Dukaj
>
> > Jest jeszcze kwestia skrętnosci, ponoć zdecydowanej przypadkowo. Do
> > jakiego stopnia taka różnica stanowi barierę?
>
> O ile mi wiadomo, do zadnego. Dla chemika enancjomery sa zupelnie
> rownowazne - produktem reakcji chemicznych jest racemat, czyli mieszanka
> fifty-fifty. Dopiero dla biologa jedna odmiana moze byc trucizna, a
> druga waznym skladnikiem pozywienia albo lekarstwem (jak w slynnej
> sprawie talidomidu). Nie dlatego, ze sie czyms roznia, tylko dlatego, ze
> odpowiednio reaguja na nia enzymy i cala chemiczna maszyna zywego
> organizmu (ktora tez jest skretna).
Czyli bariera jest (na jakim poziomie, to insza inszosc).
> > Tak w ogóle przesladuje mnie idea dwóch (lub więcej) ekosystemów
> > zajmujących tę samą przestrzeń fizyczną, a zupełnie nieprzenikalnych dla
> > siebie biologicznie (do tego stopnia, że niezauważalnych w mysl
> > definicji Snerga) - tak, że wyewoluowałe z nich inteligencje dedukują o
> > sobie ze zjawisk posrednich.
>
> Obawiam sie, ze w przypadku dwoch roznych skretnosci jeden ekosystem
Sorry, to już było ogólnie, nie a propos skrętnosci.
> musialby po prostu drugi zabic. Innoskretne jablko mogloby byc dla
> Ciebie smiertelna trucizna. Chocby wymieniajac sie bakteriami,
> L-czlowiek i R-czlowiek nieustannie sprzedawaliby sobie jakies strasznie
> niebezpieczne syfy.
Tzn. te syfy wchodziłyby jednak w reakcje, czy też (przynajmniej
częsciowo) "odbijałyby się"?
> Przetrwalby ten ekosystem, ktory mialby odrobinke
> wiecej szczescia. Nawiasem mowiac, to moze byc zabawny pomysl na
> opowiadanie - wyobrazmy sobie, ze jakas czesc ziemskiej populacji ulega
> przenicowaniu, np. z powodu awarii akceleratora grawitonow w CERNie,
> ktora lokalnie znieksztalcila metryke czasoprzetrzeni ;-).
Było. Czytałem w zbiorze, ale nie pamiętam, czyim (chyba w Iskrach).
Facet pracuje przy reaktorze? akceleratorze?, bum, awaria, wychodzi
zrewersowany.
> Po krwawej
> wojnie w koncu powstaje getto - oddzielone pasem ziemi niczyjej,
> regularnie dezynfekowanej, strzezonej przez bezludne systemy obronne.
> Ale nikt, poza zwierzetami, nie probuje tej granicy forsowac - to byloby
> samobojstwo. Hm, z drugiej strony otoczeniem CERNu sa przeciez banki i
> sejfy - wprawdzie banknoty, ktore sie znalazly w sferze wypadku
> zamienily sie w swoje lustrzane odbicia, ale zostaly jeszcze sztaby
> zlota, ktore spokojnie mozna przetopic. Do getta nieustannie probuja
> wiec przenikac samobojczy smialkowie. Mozna by wymyslic jakis fajny
> tytul bedacy wariantem 'Pecunia non olet' - jak powiedziec po lacinie
> 'Pieniadze nie sa optycznie czynne'?
Ty masz, Wojtku, tak samo lekki cyngiel wyobraźni jak ja. Tylko nie
wiem, czemu od razu te pomysły ironizujesz.
JD
Jacek Dukaj
>
> Jacek Dukaj wrote:
>
> > Tak w ogóle przesladuje mnie idea dwóch (lub więcej) ekosystemów
> > zajmujących tę samą przestrzeń fizyczną, a zupełnie nieprzenikalnych dla
> > siebie biologicznie (do tego stopnia, że niezauważalnych w mysl
> > definicji Snerga) - tak, że wyewoluowałe z nich inteligencje dedukują o
> > sobie ze zjawisk posrednich. Ekstremum (chyba niemożliwym) byłoby
> > pomieszanie podstaw chemicznych (wegiel, krzem, german itp.). Zbliżył
> > się trochę Card z descoladą, ale tam własnie to była jedna biologia,
> > jeden ekosystem. Czy są możliwe jednoczesne, równoległe ewolucje? Chyba
> > nie, nawet mimo barier biochemii trwałoby współzawodnictwo w tych samych
> > niszach. Chyba że własnie nisze całkowicie różne...
>
> Ale replikacja w takim ekosystemie mogłaby opierać się na zupełnie
> innych podstawach niż łańcuchy zasad i aminokwasów. Mogłyby się
> replikować - bo ja wiem - układy cząsteczek gazu (co my wiemy o tym co
> naprawdę się dzieje w powietrzu?).
To już jest, kurczę, problem z dziedziny teorii informacji. Żeby mówić o
inteligencji, trzeba sięgnąć takich poziomów komplikacji, że ilosc
przechowywanej, procesowanej i kopiowanej informacji wymagałaby
organizowania danych elementów (cokolwiek by to było) w struktury już
dotykające mezokosmosu. Tzn. mam wrażenie, że nawet jesli wystartujesz
od Plancka, to jak to stosownie przemnożysz, wejdzie Ci efektami w nisze
konkurencyjnej biologii.
> Tyle tylko, że energia rozpraszałaby
> się wolniej, niż wskaszywałyby teoretyczne wyliczenia - albo i to nie,
> bo te wyliczenia byłyby od zawsze obarczone tym błędem. Albo mogłoby to
> być coś co w swojej pysze w ogóle odrzucamy, odcienie różnic między
> cząstkami, kwarkami, zbyt subtelne dla nas, którym wystarcza masa, spin
> i ładunek elektryczny.
No własnie mam wątpliwosci, czy struktury tak rozbudowane, że zdolne do
samoswiadomosci, pomiesciłyby się w tych marginesach.
Chyba że zaczniemy mówić o alternatywnej fizyce, ale to już inna
bajka...
> No a oczywiście najzabawniej by było, jakbyśmy
> tylko my nie zauważali drugiej, siódmej, dziewiętnastej strony.
Więc może jednak było cos na rzeczy z tym liczeniem aniołów na
szpilce... Elfy na tachionach...
JD
January Weiner
> Białka na glinokrzemianach? Jak?
Nikt nie wie, dlatego teoria wyszła z mody.
> Jest jeszcze kwestia skrętnosci, ponoć zdecydowanej przypadkowo. Do
> jakiego stopnia taka różnica stanowi barierę?
Nie mam pojęcia...
> Tak w ogóle przesladuje mnie idea dwóch (lub więcej) ekosystemów
> zajmujących tę samą przestrzeń fizyczną, a zupełnie nieprzenikalnych dla
> siebie biologicznie (do tego stopnia, że niezauważalnych w mysl
> definicji Snerga) - tak, że wyewoluowałe z nich inteligencje dedukują o
> sobie ze zjawisk posrednich.
Trudno mi sobie wyobrazić taką nieprzenikalność. W końcu biologiczne
systemy biorą udział w obiegu pierwiastków nieożywionych, i to w zasadzie
wszystkich pospolitych. Jeśli ewoluować będzie coś oparte, dajmy na to, na
krzemianach, to te ewoluujące formy -- to jedno da się przewidzieć -- będą
jakoś energię przechowywały, czy magazynowały. A to oznacza, że prędzej czy
później zabiorą się za nie organizmy żywe -- zaś bakterie są w stanie
czerpać energię w zasadzie z każdego możliwego źródła. Tak że przynajmniej
na poziomie troficznym jakieś przenikanie by było. Podejrzewam, że prędzej
czy później jeden układ wykończyłby ten drugi.
> jeden ekosystem. Czy są możliwe jednoczesne, równoległe ewolucje? Chyba
> nie, nawet mimo barier biochemii trwałoby współzawodnictwo w tych samych
> niszach. Chyba że własnie nisze całkowicie różne...
O, to, to, to, dokładnie.
> Swego czasu NF drukowała serię artykułów (bodajże Przewodasa)
> opisujących scieżki alternatywnej ewolucji. Były tam rozmaite cuda, w
> rodzaju kodunku dwuzasadowego, trójhelis itp.
Cuda jest właściwym określeniem na to, co tam proponowano (kod dwuzasadowy?
To znaczy co? Ograniczamy się do 4^2-1=15 aminokwasów? Czy alternatywne
zasady? No, ale z tym jest problem... szczegóły pomijam).
j.
--
----)-\//-///-----------------------------------January-Weiner-3-------
Vi has two modes: the one in which it beeps, and the one in which it doesn't.
Ufko
<Wojciech...@gazeta.pl> wrote:
[cut]
>Obawiam sie, ze w przypadku dwoch roznych skretnosci jeden ekosystem
>musialby po prostu drugi zabic. Innoskretne jablko mogloby byc dla
>Ciebie smiertelna trucizna. Chocby wymieniajac sie bakteriami,
>L-czlowiek i R-czlowiek nieustannie sprzedawaliby sobie jakies strasznie
>niebezpieczne syfy.
A wampiry? Wilkolaki? Przeciez skads sie biora
o okreslonych porach, prawda?
Ufko.
--
Let's talk about facts...
January Weiner
> Takie coś stosuje się, nawet przemysłowo - to są algorytmy genetyczne.
Wiem, tylko mnie chodziło o sprzężenie algorytmów z produkcją białek.
j.
--
----)-\//-///-----------------------------------January-Weiner-3-------
Happy people have no stories.
Wojciech Orlinski
> > musialby po prostu drugi zabic. Innoskretne jablko mogloby byc dla
> > Ciebie smiertelna trucizna. Chocby wymieniajac sie bakteriami,
> > L-czlowiek i R-czlowiek nieustannie sprzedawaliby sobie jakies strasznie
> > niebezpieczne syfy.
>
> Tzn. te syfy wchodziłyby jednak w reakcje, czy też (przynajmniej
> częsciowo) "odbijałyby się"?
Wiekszosc pewnie by sie odbijala, ale niestety w podrecznikach
stereochemii znajdziesz wiele przykladow substancji np. obojetnych w
jednej postaci, a trujacych (albo przynajmniej smierdzacych) w drugiej.
> > samobojstwo. Hm, z drugiej strony otoczeniem CERNu sa przeciez banki i
> > sejfy - wprawdzie banknoty, ktore sie znalazly w sferze wypadku
> > zamienily sie w swoje lustrzane odbicia, ale zostaly jeszcze sztaby
> > zlota, ktore spokojnie mozna przetopic. Do getta nieustannie probuja
> > wiec przenikac samobojczy smialkowie. Mozna by wymyslic jakis fajny
> > tytul bedacy wariantem 'Pecunia non olet' - jak powiedziec po lacinie
> > 'Pieniadze nie sa optycznie czynne'?
>
> Ty masz, Wojtku, tak samo lekki cyngiel wyobraźni jak ja.
Rany, dziekuje, co wszyscy ostatnio tacy uprzejmi?
> Tylko nie
> wiem, czemu od razu te pomysły ironizujesz.
Jej, przeciez znasz mnie tyle, zeby rozpracowac ten algorytm. Ja uwazam,
ze Prawdziwe Problemy to sa tylko te, ktore sa zwiazane z codzienna
egzystencja: brudna pielucha, zabkowanie, podcieranie pupy, wycieranie
rzygow z podlogi, i last but not least, zarabianie pieniedzy na to
wszystko. Jezeli uda mi sie wyszarpnac z tego godzine czy dwie na
lekture prozy (nie mowiac juz o pisaniu prozy), to automatycznie oznacza
to, ze wlasnie odpoczywam. I ksiazka, ktora udaje ze na serio podejmuje
jakies prawdziwe problemy (typu Czy Zycie Ma W Ogole Sens A Jesli Tak To
Jaki, albo Czy Mozna Udowodnic Istnienie Boga Przy Pomocy Ciagu
Fibonacciego albo Co By Bylo Gdyby Polacy Przegrali Wojne Bolszewicka)
od razu wywoluje na moich ustach ironiczny usmieszek pt. 'Koles, zycze
Ci zebys nigdy nie mial innych zmartwien'. Po prostu nie trawie sztuki
nieironicznej - uwazam, ze sztuka nie moze byc 'prawdziwa', bo niejako z
definicji jest sztuczna :-).
Bart Ogryczak
[ciach]
>Po trzecie, DNA to nie tylko sekwencja, ale też i bardzo złożona
>struktura, i nie mówię tylko o podwójnej helisie. DNA to taka elastyczna
>drabinka, a to, w którą stronę i jak się wygina zależy od właściwości
>poszczególnych szczebelków. Te wygięcia zasię wpływają zaś na a) wiązanie
>białek do danych rejonów DNA, czyli per procura na regulację ekspresji b)
>topologię DNA.
[ciach]
Hmm.. było kiedyś takie opowiadanko, o tym, jak po jakimś nieudanym
eksperymencie z machiną czasu czy coś, gostek był całkowitym 'lustrzanym
odbiciem', łącznie z tym, że DNA było prawoskrętne itp. Co powodowało duże
problemy.
bart
--
"I found it hard, it's hard to find, well, whatever, never mind"
bart @bart.w-wa.pl || http://bart.w-wa.pl || http://faq.pl/php/
Jan Rudziński
Wojciech Orlinski wrote:
>
[ ciach kilka niezłych pomysłów ]
...mać. Sprzedajesz pomysły publicznie, czas marnotrawisz, po gazetkach
bzdety pisujesz, a w "NF" czytać nie ma czego. A siadłby na tyłku i
wreszcie dokończył chociaż 5 z tych 10 świetnych opowiadań, które leżą u
Ciebie w zawieszeniu. Nie łaska?
>
> --
> -----------------------------------------------
> Wojciech Orlinski 'de omnibus dubitandum'
--
Pozdrowienia
Janek http://www.astercity.net/~janekr
Niech mnie diabli porwą!
Niech diabli porwą? To się da zrobić...