Numpy Error Running pitlakq_tut

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Spencer Whitman

unread,
Apr 1, 2023, 9:58:58 PM4/1/23
to pitlakq-users
Hi,

I'm trying to get going running the tutorials and am having trouble with a numpy error, shown below.  I'll try downgrading numpy to 1.19, but wondered if there are other workarounds to solve this issue.

A few other small issues when setting up the intial run: some directories were not present in the tutorial setup, e.g.: \pitlakq_work\models\pitlakq_tut\preprocessing\tmp
\pitlakq_work\models\pitlakq_tut\preprocessing\output

Thanks,

Spencer

(pitlakq39) C:\Users\Spencer>pitlakq run pitlakq_tut
.......................

runtime: 0:00:03.989770
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\Spencer\anaconda3\envs\pitlakq39\Scripts\pitlakq-script.py", line 33, in <module>
    sys.exit(load_entry_point('PITLAKQ==1.6.1', 'console_scripts', 'pitlakq')())
  File "C:\Users\Spencer\anaconda3\envs\pitlakq39\lib\site-packages\pitlakq\metamodel\running\run_pitlakq.py", line 517, in main
    args.func(args)
  File "C:\Users\Spencer\anaconda3\envs\pitlakq39\lib\site-packages\pitlakq\metamodel\running\run_pitlakq.py", line 450, in run_project
    run(args.project_name)
  File "C:\Users\Spencer\anaconda3\envs\pitlakq39\lib\site-packages\pitlakq\metamodel\running\run_pitlakq.py", line 549, in run
    model.run(config.gw_time_step, config.lake_time_step, first,
  File "C:\Users\Spencer\anaconda3\envs\pitlakq39\lib\site-packages\pitlakq\metamodel\running\run_pitlakq.py", line 336, in run
    self.lake.run(until,
  File "C:\Users\Spencer\anaconda3\envs\pitlakq39\lib\site-packages\pitlakq\submodels\lake\lake.py", line 453, in run
    self.output.write_independent_output()
  File "C:\Users\Spencer\anaconda3\envs\pitlakq39\lib\site-packages\pitlakq\commontools\output\ncoutput.py", line 173, in write_independent_output
    zu = numpy.zeros(output.variables['zu'].shape, numpy.float)
  File "C:\Users\Spencer\anaconda3\envs\pitlakq39\lib\site-packages\numpy\__init__.py", line 305, in __getattr__
    raise AttributeError(__former_attrs__[attr])
AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'float'.
`np.float` was a deprecated alias for the builtin `float`. To avoid this error in existing code, use `float` by itself. Doing this will not modify any behavior and is safe. If you specifically wanted the numpy scalar type, use `np.float64` here.
The aliases was originally deprecated in NumPy 1.20; for more details and guidance see the original release note at:
    https://numpy.org/devdocs/release/1.20.0-notes.html#deprecations


(pitlakq39) C:\Users\Spencer>conda list
# packages in environment at C:\Users\Spencer\anaconda3\envs\pitlakq39:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
anyio                     3.6.2              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
argon2-cffi               21.3.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
argon2-cffi-bindings      21.2.0           py39ha55989b_3    conda-forge
asttokens                 2.2.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
attrs                     22.2.0             pyh71513ae_0    conda-forge
babel                     2.12.1             pyhd8ed1ab_1    conda-forge
backcall                  0.2.0              pyh9f0ad1d_0    conda-forge
backports                 1.0                pyhd8ed1ab_3    conda-forge
backports.functools_lru_cache 1.6.4              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
beautifulsoup4            4.12.0             pyha770c72_0    conda-forge
bleach                    6.0.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
blosc                     1.21.3               hdccc3a2_0    conda-forge
brotli                    1.0.9                hcfcfb64_8    conda-forge
brotli-bin                1.0.9                hcfcfb64_8    conda-forge
brotlipy                  0.7.0           py39ha55989b_1005    conda-forge
btrees                    4.11.3           py39ha55989b_0    conda-forge
bzip2                     1.0.8                h8ffe710_4    conda-forge
ca-certificates           2022.12.7            h5b45459_0    conda-forge
certifi                   2022.12.7          pyhd8ed1ab_0    conda-forge
cffi                      1.15.1           py39h68f70e3_3    conda-forge
cftime                    1.6.2            py39hc266a54_1    conda-forge
charset-normalizer        3.1.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
colorama                  0.4.6              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
comm                      0.1.3              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
contourpy                 1.0.7            py39h1f6ef14_0    conda-forge
cryptography              40.0.1           py39hb6bd5e6_0    conda-forge
curl                      7.88.1               h68f0423_1    conda-forge
cycler                    0.11.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
debugpy                   1.6.6            py39h99910a6_0    conda-forge
decorator                 5.1.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
defusedxml                0.7.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
entrypoints               0.4                pyhd8ed1ab_0    conda-forge
et_xmlfile                1.1.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
executing                 1.2.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
flit-core                 3.8.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
fonttools                 4.39.3           py39ha55989b_0    conda-forge
freetype                  2.12.1               h546665d_1    conda-forge
gettext                   0.21.1               h5728263_0    conda-forge
glib                      2.74.1               h12be248_1    conda-forge
glib-tools                2.74.1               h12be248_1    conda-forge
gst-plugins-base          1.22.0               h001b923_2    conda-forge
gstreamer                 1.22.0               h6b5321d_2    conda-forge
hdf4                      4.2.15               h1334946_6    conda-forge
hdf5                      1.14.0          nompi_h918d9b7_103    conda-forge
icu                       72.1                 h63175ca_0    conda-forge
idna                      3.4                pyhd8ed1ab_0    conda-forge
importlib-metadata        6.1.0              pyha770c72_0    conda-forge
importlib-resources       5.12.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
importlib_metadata        6.1.0                hd8ed1ab_0    conda-forge
importlib_resources       5.12.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
intel-openmp              2023.0.0         h57928b3_25922    conda-forge
ipykernel                 6.22.0             pyh025b116_0    conda-forge
ipython                   8.12.0             pyh08f2357_0    conda-forge
ipython_genutils          0.2.0                      py_1    conda-forge
jedi                      0.18.2             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
jinja2                    3.1.2              pyhd8ed1ab_1    conda-forge
json5                     0.9.5              pyh9f0ad1d_0    conda-forge
jsonschema                4.17.3             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
jupyter_client            8.1.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
jupyter_core              5.3.0            py39hcbf5309_0    conda-forge
jupyter_events            0.6.3              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
jupyter_server            2.5.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
jupyter_server_terminals  0.4.4              pyhd8ed1ab_1    conda-forge
jupyterlab                3.5.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
jupyterlab_pygments       0.2.2              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
jupyterlab_server         2.22.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
kiwisolver                1.4.4            py39h1f6ef14_1    conda-forge
krb5                      1.20.1               heb0366b_0    conda-forge
lcms2                     2.15                 h3e3b177_1    conda-forge
lerc                      4.0.0                h63175ca_0    conda-forge
libaec                    1.0.6                h63175ca_1    conda-forge
libblas                   3.9.0              16_win64_mkl    conda-forge
libbrotlicommon           1.0.9                hcfcfb64_8    conda-forge
libbrotlidec              1.0.9                hcfcfb64_8    conda-forge
libbrotlienc              1.0.9                hcfcfb64_8    conda-forge
libcblas                  3.9.0              16_win64_mkl    conda-forge
libclang                  16.0.0          default_h8b4101f_1    conda-forge
libclang13                16.0.0          default_h45d3cf4_1    conda-forge
libcurl                   7.88.1               h68f0423_1    conda-forge
libdeflate                1.18                 hcfcfb64_0    conda-forge
libffi                    3.4.2                h8ffe710_5    conda-forge
libglib                   2.74.1               he8f3873_1    conda-forge
libhwloc                  2.9.0                h51c2c0f_0    conda-forge
libiconv                  1.17                 h8ffe710_0    conda-forge
libjpeg-turbo             2.1.5.1              hcfcfb64_0    conda-forge
liblapack                 3.9.0              16_win64_mkl    conda-forge
libnetcdf                 4.9.2           nompi_h8f7229f_103    conda-forge
libogg                    1.3.4                h8ffe710_1    conda-forge
libpng                    1.6.39               h19919ed_0    conda-forge
libsodium                 1.0.18               h8d14728_1    conda-forge
libsqlite                 3.40.0               hcfcfb64_0    conda-forge
libssh2                   1.10.0               h9a1e1f7_3    conda-forge
libtiff                   4.5.0                h6c8260b_6    conda-forge
libvorbis                 1.3.7                h0e60522_0    conda-forge
libwebp-base              1.3.0                hcfcfb64_0    conda-forge
libxcb                    1.13              hcd874cb_1004    conda-forge
libxml2                   2.10.3               hc3477c8_6    conda-forge
libzip                    1.9.2                h519de47_1    conda-forge
libzlib                   1.2.13               hcfcfb64_4    conda-forge
lz4-c                     1.9.4                hcfcfb64_0    conda-forge
m2w64-gcc-libgfortran     5.3.0                         6    conda-forge
m2w64-gcc-libs            5.3.0                         7    conda-forge
m2w64-gcc-libs-core       5.3.0                         7    conda-forge
m2w64-gmp                 6.1.0                         2    conda-forge
m2w64-libwinpthread-git   5.0.0.4634.697f757               2    conda-forge
markupsafe                2.1.2            py39ha55989b_0    conda-forge
matplotlib                3.7.1            py39hcbf5309_0    conda-forge
matplotlib-base           3.7.1            py39haf65ace_0    conda-forge
matplotlib-inline         0.1.6              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
mistune                   2.0.5              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
mkl                       2022.1.0           h6a75c08_874    conda-forge
msys2-conda-epoch         20160418                      1    conda-forge
munkres                   1.1.4              pyh9f0ad1d_0    conda-forge
nbclassic                 0.5.3              pyh8b2e9e2_2    conda-forge
nbclient                  0.7.2              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
nbconvert-core            7.2.10             pyhd8ed1ab_1    conda-forge
nbformat                  5.8.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
nest-asyncio              1.5.6              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
netcdf4                   1.6.3           nompi_py39h9ccb2f7_102    conda-forge
notebook                  6.5.3              pyha770c72_0    conda-forge
notebook-shim             0.2.2              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
numpy                     1.24.2           py39h16ffa76_0    conda-forge
openjpeg                  2.5.0                ha2aaf27_2    conda-forge
openpyxl                  3.1.1            py39ha55989b_0    conda-forge
openssl                   3.1.0                hcfcfb64_0    conda-forge
packaging                 23.0               pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pandas                    1.5.3            py39h2ba5b7c_1    conda-forge
pandocfilters             1.5.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
parso                     0.8.3              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pcre2                     10.40                h17e33f8_0    conda-forge
persistent                5.0              py39ha55989b_0    conda-forge
pickleshare               0.7.5                   py_1003    conda-forge
pillow                    9.4.0            py39haa1d754_2    conda-forge
pip                       23.0.1             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pitlakq                   1.6.1                    py39_0    hydrocomputing
pkgutil-resolve-name      1.3.10             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
platformdirs              3.2.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
ply                       3.11                       py_1    conda-forge
pooch                     1.7.0              pyha770c72_3    conda-forge
prometheus_client         0.16.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
prompt-toolkit            3.0.38             pyha770c72_0    conda-forge
prompt_toolkit            3.0.38               hd8ed1ab_0    conda-forge
psutil                    5.9.4            py39ha55989b_0    conda-forge
pthread-stubs             0.4               hcd874cb_1001    conda-forge
pthreads-win32            2.9.1                hfa6e2cd_3    conda-forge
pure_eval                 0.2.2              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pycparser                 2.21               pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pygments                  2.14.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pyopenssl                 23.1.1             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pyparsing                 3.0.9              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pyqt                      5.15.7           py39hb77abff_3    conda-forge
pyqt5-sip                 12.11.0          py39h99910a6_3    conda-forge
pyro4                     4.82               pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pyrsistent                0.19.3           py39ha55989b_0    conda-forge
pysocks                   1.7.1              pyh0701188_6    conda-forge
python                    3.9.16          h4de0772_0_cpython    conda-forge
python-dateutil           2.8.2              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
python-fastjsonschema     2.16.3             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
python-json-logger        2.0.7              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
python_abi                3.9                      3_cp39    conda-forge
pytz                      2023.3             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pywin32                   304              py39h99910a6_2    conda-forge
pywinpty                  2.0.10           py39h99910a6_0    conda-forge
pyyaml                    6.0              py39ha55989b_5    conda-forge
pyzmq                     25.0.2           py39hea35a22_0    conda-forge
qt-main                   5.15.8               h7f2b912_9    conda-forge
requests                  2.28.2             pyhd8ed1ab_1    conda-forge
rfc3339-validator         0.1.4              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
rfc3986-validator         0.1.1              pyh9f0ad1d_0    conda-forge
scipy                     1.10.1           py39hfbf2dce_0    conda-forge
send2trash                1.8.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
serpent                   1.41               pyhd8ed1ab_0    conda-forge
setuptools                67.6.1             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
sip                       6.7.7            py39h99910a6_0    conda-forge
six                       1.16.0             pyh6c4a22f_0    conda-forge
snappy                    1.1.10               hfb803bf_0    conda-forge
sniffio                   1.3.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
soupsieve                 2.3.2.post1        pyhd8ed1ab_0    conda-forge
stack_data                0.6.2              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
tbb                       2021.8.0             h91493d7_0    conda-forge
terminado                 0.15.0           py39hcbf5309_0    conda-forge
tinycss2                  1.2.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
tk                        8.6.12               h8ffe710_0    conda-forge
toml                      0.10.2             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
tomli                     2.0.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
tornado                   6.2              py39ha55989b_1    conda-forge
traitlets                 5.9.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
transaction               3.1.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
typing-extensions         4.5.0                hd8ed1ab_0    conda-forge
typing_extensions         4.5.0              pyha770c72_0    conda-forge
tzdata                    2023c                h71feb2d_0    conda-forge
ucrt                      10.0.22621.0         h57928b3_0    conda-forge
unicodedata2              15.0.0           py39ha55989b_0    conda-forge
urllib3                   1.26.15            pyhd8ed1ab_0    conda-forge
vc                        14.3                hb6edc58_10    conda-forge
vs2015_runtime            14.34.31931         h4c5c07a_10    conda-forge
wcwidth                   0.2.6              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
webencodings              0.5.1                      py_1    conda-forge
websocket-client          1.5.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
wheel                     0.40.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
win_inet_pton             1.1.0              pyhd8ed1ab_6    conda-forge
winpty                    0.4.3                         4    conda-forge
xlsxwriter                3.0.9              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
xorg-libxau               1.0.9                hcd874cb_0    conda-forge
xorg-libxdmcp             1.1.3                hcd874cb_0    conda-forge
xz                        5.2.6                h8d14728_0    conda-forge
yaml                      0.2.5                h8ffe710_2    conda-forge
zc.lockfile               3.0.post1          pyhd8ed1ab_0    conda-forge
zconfig                   3.6.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
zeromq                    4.3.4                h0e60522_1    conda-forge
zipp                      3.15.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
zodb                      5.8.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
zodbpickle                3.0.1            py39ha55989b_0    conda-forge
zope.interface            6.0              py39ha55989b_0    conda-forge
zstd                      1.5.2                h12be248_6    conda-forge(pitlakq39) C:\Users\Spencer>conda list
# packages in environment at C:\Users\Spencer\anaconda3\envs\pitlakq39:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
anyio                     3.6.2              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
argon2-cffi               21.3.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
argon2-cffi-bindings      21.2.0           py39ha55989b_3    conda-forge
asttokens                 2.2.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
attrs                     22.2.0             pyh71513ae_0    conda-forge
babel                     2.12.1             pyhd8ed1ab_1    conda-forge
backcall                  0.2.0              pyh9f0ad1d_0    conda-forge
backports                 1.0                pyhd8ed1ab_3    conda-forge
backports.functools_lru_cache 1.6.4              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
beautifulsoup4            4.12.0             pyha770c72_0    conda-forge
bleach                    6.0.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
blosc                     1.21.3               hdccc3a2_0    conda-forge
brotli                    1.0.9                hcfcfb64_8    conda-forge
brotli-bin                1.0.9                hcfcfb64_8    conda-forge
brotlipy                  0.7.0           py39ha55989b_1005    conda-forge
btrees                    4.11.3           py39ha55989b_0    conda-forge
bzip2                     1.0.8                h8ffe710_4    conda-forge
ca-certificates           2022.12.7            h5b45459_0    conda-forge
certifi                   2022.12.7          pyhd8ed1ab_0    conda-forge
cffi                      1.15.1           py39h68f70e3_3    conda-forge
cftime                    1.6.2            py39hc266a54_1    conda-forge
charset-normalizer        3.1.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
colorama                  0.4.6              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
comm                      0.1.3              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
contourpy                 1.0.7            py39h1f6ef14_0    conda-forge
cryptography              40.0.1           py39hb6bd5e6_0    conda-forge
curl                      7.88.1               h68f0423_1    conda-forge
cycler                    0.11.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
debugpy                   1.6.6            py39h99910a6_0    conda-forge
decorator                 5.1.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
defusedxml                0.7.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
entrypoints               0.4                pyhd8ed1ab_0    conda-forge
et_xmlfile                1.1.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
executing                 1.2.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
flit-core                 3.8.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
fonttools                 4.39.3           py39ha55989b_0    conda-forge
freetype                  2.12.1               h546665d_1    conda-forge
gettext                   0.21.1               h5728263_0    conda-forge
glib                      2.74.1               h12be248_1    conda-forge
glib-tools                2.74.1               h12be248_1    conda-forge
gst-plugins-base          1.22.0               h001b923_2    conda-forge
gstreamer                 1.22.0               h6b5321d_2    conda-forge
hdf4                      4.2.15               h1334946_6    conda-forge
hdf5                      1.14.0          nompi_h918d9b7_103    conda-forge
icu                       72.1                 h63175ca_0    conda-forge
idna                      3.4                pyhd8ed1ab_0    conda-forge
importlib-metadata        6.1.0              pyha770c72_0    conda-forge
importlib-resources       5.12.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
importlib_metadata        6.1.0                hd8ed1ab_0    conda-forge
importlib_resources       5.12.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
intel-openmp              2023.0.0         h57928b3_25922    conda-forge
ipykernel                 6.22.0             pyh025b116_0    conda-forge
ipython                   8.12.0             pyh08f2357_0    conda-forge
ipython_genutils          0.2.0                      py_1    conda-forge
jedi                      0.18.2             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
jinja2                    3.1.2              pyhd8ed1ab_1    conda-forge
json5                     0.9.5              pyh9f0ad1d_0    conda-forge
jsonschema                4.17.3             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
jupyter_client            8.1.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
jupyter_core              5.3.0            py39hcbf5309_0    conda-forge
jupyter_events            0.6.3              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
jupyter_server            2.5.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
jupyter_server_terminals  0.4.4              pyhd8ed1ab_1    conda-forge
jupyterlab                3.5.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
jupyterlab_pygments       0.2.2              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
jupyterlab_server         2.22.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
kiwisolver                1.4.4            py39h1f6ef14_1    conda-forge
krb5                      1.20.1               heb0366b_0    conda-forge
lcms2                     2.15                 h3e3b177_1    conda-forge
lerc                      4.0.0                h63175ca_0    conda-forge
libaec                    1.0.6                h63175ca_1    conda-forge
libblas                   3.9.0              16_win64_mkl    conda-forge
libbrotlicommon           1.0.9                hcfcfb64_8    conda-forge
libbrotlidec              1.0.9                hcfcfb64_8    conda-forge
libbrotlienc              1.0.9                hcfcfb64_8    conda-forge
libcblas                  3.9.0              16_win64_mkl    conda-forge
libclang                  16.0.0          default_h8b4101f_1    conda-forge
libclang13                16.0.0          default_h45d3cf4_1    conda-forge
libcurl                   7.88.1               h68f0423_1    conda-forge
libdeflate                1.18                 hcfcfb64_0    conda-forge
libffi                    3.4.2                h8ffe710_5    conda-forge
libglib                   2.74.1               he8f3873_1    conda-forge
libhwloc                  2.9.0                h51c2c0f_0    conda-forge
libiconv                  1.17                 h8ffe710_0    conda-forge
libjpeg-turbo             2.1.5.1              hcfcfb64_0    conda-forge
liblapack                 3.9.0              16_win64_mkl    conda-forge
libnetcdf                 4.9.2           nompi_h8f7229f_103    conda-forge
libogg                    1.3.4                h8ffe710_1    conda-forge
libpng                    1.6.39               h19919ed_0    conda-forge
libsodium                 1.0.18               h8d14728_1    conda-forge
libsqlite                 3.40.0               hcfcfb64_0    conda-forge
libssh2                   1.10.0               h9a1e1f7_3    conda-forge
libtiff                   4.5.0                h6c8260b_6    conda-forge
libvorbis                 1.3.7                h0e60522_0    conda-forge
libwebp-base              1.3.0                hcfcfb64_0    conda-forge
libxcb                    1.13              hcd874cb_1004    conda-forge
libxml2                   2.10.3               hc3477c8_6    conda-forge
libzip                    1.9.2                h519de47_1    conda-forge
libzlib                   1.2.13               hcfcfb64_4    conda-forge
lz4-c                     1.9.4                hcfcfb64_0    conda-forge
m2w64-gcc-libgfortran     5.3.0                         6    conda-forge
m2w64-gcc-libs            5.3.0                         7    conda-forge
m2w64-gcc-libs-core       5.3.0                         7    conda-forge
m2w64-gmp                 6.1.0                         2    conda-forge
m2w64-libwinpthread-git   5.0.0.4634.697f757               2    conda-forge
markupsafe                2.1.2            py39ha55989b_0    conda-forge
matplotlib                3.7.1            py39hcbf5309_0    conda-forge
matplotlib-base           3.7.1            py39haf65ace_0    conda-forge
matplotlib-inline         0.1.6              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
mistune                   2.0.5              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
mkl                       2022.1.0           h6a75c08_874    conda-forge
msys2-conda-epoch         20160418                      1    conda-forge
munkres                   1.1.4              pyh9f0ad1d_0    conda-forge
nbclassic                 0.5.3              pyh8b2e9e2_2    conda-forge
nbclient                  0.7.2              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
nbconvert-core            7.2.10             pyhd8ed1ab_1    conda-forge
nbformat                  5.8.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
nest-asyncio              1.5.6              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
netcdf4                   1.6.3           nompi_py39h9ccb2f7_102    conda-forge
notebook                  6.5.3              pyha770c72_0    conda-forge
notebook-shim             0.2.2              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
numpy                     1.24.2           py39h16ffa76_0    conda-forge
openjpeg                  2.5.0                ha2aaf27_2    conda-forge
openpyxl                  3.1.1            py39ha55989b_0    conda-forge
openssl                   3.1.0                hcfcfb64_0    conda-forge
packaging                 23.0               pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pandas                    1.5.3            py39h2ba5b7c_1    conda-forge
pandocfilters             1.5.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
parso                     0.8.3              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pcre2                     10.40                h17e33f8_0    conda-forge
persistent                5.0              py39ha55989b_0    conda-forge
pickleshare               0.7.5                   py_1003    conda-forge
pillow                    9.4.0            py39haa1d754_2    conda-forge
pip                       23.0.1             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pitlakq                   1.6.1                    py39_0    hydrocomputing
pkgutil-resolve-name      1.3.10             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
platformdirs              3.2.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
ply                       3.11                       py_1    conda-forge
pooch                     1.7.0              pyha770c72_3    conda-forge
prometheus_client         0.16.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
prompt-toolkit            3.0.38             pyha770c72_0    conda-forge
prompt_toolkit            3.0.38               hd8ed1ab_0    conda-forge
psutil                    5.9.4            py39ha55989b_0    conda-forge
pthread-stubs             0.4               hcd874cb_1001    conda-forge
pthreads-win32            2.9.1                hfa6e2cd_3    conda-forge
pure_eval                 0.2.2              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pycparser                 2.21               pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pygments                  2.14.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pyopenssl                 23.1.1             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pyparsing                 3.0.9              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pyqt                      5.15.7           py39hb77abff_3    conda-forge
pyqt5-sip                 12.11.0          py39h99910a6_3    conda-forge
pyro4                     4.82               pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pyrsistent                0.19.3           py39ha55989b_0    conda-forge
pysocks                   1.7.1              pyh0701188_6    conda-forge
python                    3.9.16          h4de0772_0_cpython    conda-forge
python-dateutil           2.8.2              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
python-fastjsonschema     2.16.3             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
python-json-logger        2.0.7              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
python_abi                3.9                      3_cp39    conda-forge
pytz                      2023.3             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pywin32                   304              py39h99910a6_2    conda-forge
pywinpty                  2.0.10           py39h99910a6_0    conda-forge
pyyaml                    6.0              py39ha55989b_5    conda-forge
pyzmq                     25.0.2           py39hea35a22_0    conda-forge
qt-main                   5.15.8               h7f2b912_9    conda-forge
requests                  2.28.2             pyhd8ed1ab_1    conda-forge
rfc3339-validator         0.1.4              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
rfc3986-validator         0.1.1              pyh9f0ad1d_0    conda-forge
scipy                     1.10.1           py39hfbf2dce_0    conda-forge
send2trash                1.8.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
serpent                   1.41               pyhd8ed1ab_0    conda-forge
setuptools                67.6.1             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
sip                       6.7.7            py39h99910a6_0    conda-forge
six                       1.16.0             pyh6c4a22f_0    conda-forge
snappy                    1.1.10               hfb803bf_0    conda-forge
sniffio                   1.3.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
soupsieve                 2.3.2.post1        pyhd8ed1ab_0    conda-forge
stack_data                0.6.2              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
tbb                       2021.8.0             h91493d7_0    conda-forge
terminado                 0.15.0           py39hcbf5309_0    conda-forge
tinycss2                  1.2.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
tk                        8.6.12               h8ffe710_0    conda-forge
toml                      0.10.2             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
tomli                     2.0.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
tornado                   6.2              py39ha55989b_1    conda-forge
traitlets                 5.9.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
transaction               3.1.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
typing-extensions         4.5.0                hd8ed1ab_0    conda-forge
typing_extensions         4.5.0              pyha770c72_0    conda-forge
tzdata                    2023c                h71feb2d_0    conda-forge
ucrt                      10.0.22621.0         h57928b3_0    conda-forge
unicodedata2              15.0.0           py39ha55989b_0    conda-forge
urllib3                   1.26.15            pyhd8ed1ab_0    conda-forge
vc                        14.3                hb6edc58_10    conda-forge
vs2015_runtime            14.34.31931         h4c5c07a_10    conda-forge
wcwidth                   0.2.6              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
webencodings              0.5.1                      py_1    conda-forge
websocket-client          1.5.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
wheel                     0.40.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
win_inet_pton             1.1.0              pyhd8ed1ab_6    conda-forge
winpty                    0.4.3                         4    conda-forge
xlsxwriter                3.0.9              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
xorg-libxau               1.0.9                hcd874cb_0    conda-forge
xorg-libxdmcp             1.1.3                hcd874cb_0    conda-forge
xz                        5.2.6                h8d14728_0    conda-forge
yaml                      0.2.5                h8ffe710_2    conda-forge
zc.lockfile               3.0.post1          pyhd8ed1ab_0    conda-forge
zconfig                   3.6.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
zeromq                    4.3.4                h0e60522_1    conda-forge
zipp                      3.15.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
zodb                      5.8.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
zodbpickle                3.0.1            py39ha55989b_0    conda-forge
zope.interface            6.0              py39ha55989b_0    conda-forge
zstd                      1.5.2                h12be248_6    conda-forge

Dr. Mike Mueller

unread,
Apr 2, 2023, 1:46:06 AM4/2/23
to pitlak...@googlegroups.com
Hi Spencer,

Thanks for the detailed description of this problem.

Am 02.04.23 um 03:58 schrieb Spencer Whitman:
> Hi,
>
> I'm trying to get going running the tutorials and am having trouble with a
> numpy error, shown below. I'll try downgrading numpy to 1.19, but wondered
> if there are other workarounds to solve this issue.

Downgrading NumPy works.

I created an issue for this problem:

https://gitlab.com/hydrocomputing/pitlakq/-/issues/11

It also shows a solution on the source code level. So, if you are adventurous,
got to line 173 in the file

C:\Users\Spencer\anaconda3\envs\pitlakq39\lib\site-packages\pitlakq\commontools\output\ncoutput.py

and change it to:

zu = numpy.zeros_like(output.variables['zu'])

Make sure not to change the indentation. You might need to repeat this process
at more places. Let me wich ones you need to change.

I will work on the issue over the next days and will make a new release.

> A few other small issues when setting up the intial run: some directories
> were not present in the tutorial setup, e.g.:
> \pitlakq_work\models\pitlakq_tut\preprocessing\tmp
> \pitlakq_work\models\pitlakq_tut\preprocessing\output

Thanks for the hint. I created an issue for this too:

https://gitlab.com/hydrocomputing/pitlakq/-/issues/12

Best,
Mike
> -- You received this message because you are subscribed to the Google
> Groups "pitlakq-users" group. To unsubscribe from this group and stop
> receiving emails from it, send an email to
> pitlakq-user...@googlegroups.com
> <mailto:pitlakq-user...@googlegroups.com>. To view this discussion
> on the web visit
> https://groups.google.com/d/msgid/pitlakq-users/bc88ee8e-5da1-4c81-bf8c-a3be4af4b599n%40googlegroups.com
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
<https://groups.google.com/d/msgid/pitlakq-users/bc88ee8e-5da1-4c81-bf8c-a3be4af4b599n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>.
Message has been deleted
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Dr. Mike Mueller

unread,
Apr 8, 2023, 4:57:02 AM4/8/23
to pitlak...@googlegroups.com
Am 05.04.23 um 06:27 schrieb Spencer Whitman:
> Thanks for the quick response!
>
> The model runs by simply modifying the one line you mentioned. I searched
> the file and did not find any other occurences.

Thanks for your response. I will fix this issue in the next release.

Best,
Mike

PS: For some reason Google Groups held your message back because it marked it
as spam. I hope it learned from (me) excepting your message that your
messages aren't spam.
>
> Spencer
> <https://groups.google.com/d/msgid/pitlakq-users/bc88ee8e-5da1-4c81-bf8c-a3be4af4b599n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer
>
>
>
<https://groups.google.com/d/msgid/pitlakq-users/bc88ee8e-5da1-4c81-bf8c-a3be4af4b599n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>>.
>
> -- You received this message because you are subscribed to the Google
> Groups "pitlakq-users" group. To unsubscribe from this group and stop
> receiving emails from it, send an email to
> pitlakq-user...@googlegroups.com
> <mailto:pitlakq-user...@googlegroups.com>. To view this discussion
> on the web visit
> https://groups.google.com/d/msgid/pitlakq-users/1de42816-a5a2-4042-8a00-28747b2f6f74n%40googlegroups.com
>
>
>
<https://groups.google.com/d/msgid/pitlakq-users/1de42816-a5a2-4042-8a00-28747b2f6f74n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>.
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