Error in hsp.py, which I think is related to castor R package and version of R in the conda environment

[Matt Snelson]

Hi,

I'm running into an error, which I think is related to the fact that the castor package was built with R 4.0.5, but the R version in the picrust2 conda environment is 4.0.3. But I don't know how I would then go about fixing this.

This is running with the chemerin_16S tutorial data as per the tutorial.

place_seqs.py -s ../seqs.fna -o out.tre -p 8 \
              --intermediate intermediate/place_seqs

Place_seqs appears to works fine, and I get an out.tre file in the output. But when I run hsp.py, get an error:

hsp.py -i 16S -t out.tre -o marker_predicted_and_nsti.tsv.gz -p 8 -n  

Error running this command:
Rscript /homevol/matt/anaconda3/envs/picrust2/lib/python3.8/site-packages/picrust2/Rscripts/castor_nsti.R out.tre /tmp/tmpziqeqga_/known_tips.txt /tmp/tmpziqeqga_/nsti_out.txt

Standard output of the above failed command:
WARNING: ignoring environment value of R_HOME


Standard error of the above failed command:
Warning message:
package ‘castor’ was built under R version 4.0.5
Error in read_Newick_string_CPP(input = string, underscores_as_blanks = underscores_as_blanks,  :
  function 'Rcpp_precious_preserve' not provided by package 'Rcpp'
Calls: read_tree -> read_Newick_string_CPP
Execution halted

I am aware that the R version in the conda environment and out (base) of it are different...and I wonder if that might be contributing? I'm also unsure about how to fix it if that is the case.

(picrust2) matt@m:~/analyses/picrust2/chemerin_16S/temp$ R --version
WARNING: ignoring environment value of R_HOME
R version 4.0.3 (2020-10-10) -- "Bunny-Wunnies Freak Out"

(base) matt@m:~/analyses//picrust2$ R --version

R version 4.2.0 (2022-04-22) -- "Vigorous Calisthenics"

And here are the details of the conda environment:

$ conda list

# packages in environment at /homevol/matt/anaconda3/envs/picrust2:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                 conda_forge    conda-forge
_openmp_mutex             4.5                       2_gnu    conda-forge
_r-mutex                  1.0.1               anacondar_1    conda-forge
attrs                     21.4.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
binutils_impl_linux-64    2.36.1               h193b22a_2    conda-forge
binutils_linux-64         2.36                hf3e587d_10    conda-forge
biom-format               2.1.12           py38h71d37f0_1    conda-forge
bwidget                   1.9.14               ha770c72_1    conda-forge
bzip2                     1.0.8                h7f98852_4    conda-forge
ca-certificates           2022.6.15            ha878542_0    conda-forge
cached-property           1.5.2                hd8ed1ab_1    conda-forge
cached_property           1.5.2              pyha770c72_1    conda-forge
cairo                     1.16.0            h6cf1ce9_1008    conda-forge
click                     8.1.3            py38h578d9bd_0    conda-forge
coverage                  6.4.2            py38h0a891b7_0    conda-forge
curl                      7.71.1               he644dc0_3    conda-forge
dendropy                  4.5.2              pyh3252c3a_0    bioconda
epa-ng                    0.3.8                hd03093a_2    bioconda
expat                     2.4.8                h27087fc_0    conda-forge
fontconfig                2.14.0               h8e229c2_0    conda-forge
freetype                  2.10.4               h0708190_1    conda-forge
fribidi                   1.0.10               h36c2ea0_0    conda-forge
future                    0.18.2           py38h578d9bd_5    conda-forge
gappa                     0.8.0                hd03093a_1    bioconda
gcc_impl_linux-64         9.4.0               h03d3576_16    conda-forge
gcc_linux-64              9.4.0               h391b98a_10    conda-forge
gettext                   0.19.8.1          h73d1719_1008    conda-forge
gfortran_impl_linux-64    9.4.0               h0003116_16    conda-forge
gfortran_linux-64         9.4.0               hf0ab688_10    conda-forge
glpk                      4.65              h9202a9a_1004    conda-forge
gmp                       6.2.1                h58526e2_0    conda-forge
graphite2                 1.3.13            h58526e2_1001    conda-forge
gsl                       2.6                  he838d99_2    conda-forge
gxx_impl_linux-64         9.4.0               h03d3576_16    conda-forge
gxx_linux-64              9.4.0               h0316aca_10    conda-forge
h5py                      3.3.0           nompi_py38h9915d05_100    conda-forge
harfbuzz                  2.9.1                h83ec7ef_1    conda-forge
hdf5                      1.10.6          nompi_h6a2412b_1114    conda-forge
hmmer                     3.1b2                         3    bioconda
icu                       68.2                 h9c3ff4c_0    conda-forge
iniconfig                 1.1.1              pyh9f0ad1d_0    conda-forge
joblib                    1.1.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
jpeg                      9e                   h166bdaf_2    conda-forge
kernel-headers_linux-64   2.6.32              he073ed8_15    conda-forge
krb5                      1.17.2               h926e7f8_0    conda-forge
ld_impl_linux-64          2.36.1               hea4e1c9_2    conda-forge
lerc                      3.0                  h9c3ff4c_0    conda-forge
libblas                   3.9.0           15_linux64_openblas    conda-forge
libcblas                  3.9.0           15_linux64_openblas    conda-forge
libcurl                   7.71.1               hcdd3856_3    conda-forge
libdeflate                1.12                 h166bdaf_0    conda-forge
libedit                   3.1.20191231         he28a2e2_2    conda-forge
libffi                    3.4.2                h7f98852_5    conda-forge
libgcc-devel_linux-64     9.4.0               hd854feb_16    conda-forge
libgcc-ng                 12.1.0              h8d9b700_16    conda-forge
libgfortran-ng            12.1.0              h69a702a_16    conda-forge
libgfortran5              12.1.0              hdcd56e2_16    conda-forge
libglib                   2.72.1               h2d90d5f_0    conda-forge
libgomp                   12.1.0              h8d9b700_16    conda-forge
libiconv                  1.16                 h516909a_0    conda-forge
libidn2                   2.3.3                h166bdaf_0    conda-forge
liblapack                 3.9.0           15_linux64_openblas    conda-forge
libnsl                    2.0.0                h7f98852_0    conda-forge
libopenblas               0.3.20          pthreads_h78a6416_0    conda-forge
libpng                    1.6.37               h753d276_3    conda-forge
libsanitizer              9.4.0               h79bfe98_16    conda-forge
libssh2                   1.10.0               ha56f1ee_2    conda-forge
libstdcxx-devel_linux-64  9.4.0               hd854feb_16    conda-forge
libstdcxx-ng              12.1.0              ha89aaad_16    conda-forge
libtiff                   4.4.0                hc85c160_1    conda-forge
libunistring              0.9.10               h7f98852_0    conda-forge
libuuid                   2.32.1            h7f98852_1000    conda-forge
libwebp-base              1.2.2                h7f98852_1    conda-forge
libxcb                    1.13              h7f98852_1004    conda-forge
libxml2                   2.9.12               h72842e0_0    conda-forge
libzlib                   1.2.12               h166bdaf_2    conda-forge
lz4-c                     1.9.3                h9c3ff4c_1    conda-forge
make                      4.3                  hd18ef5c_1    conda-forge
ncurses                   6.3                  h27087fc_1    conda-forge
nlopt                     2.7.1            py38h4ff0c24_1    conda-forge
numpy                     1.23.1           py38h3a7f9d9_0    conda-forge
openjdk                   11.0.1            h516909a_1016    conda-forge
openssl                   1.1.1q               h166bdaf_0    conda-forge
packaging                 21.3               pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pandas                    1.4.3            py38h47df419_0    conda-forge
pango                     1.42.4               h69149e4_5    conda-forge
pcre                      8.45                 h9c3ff4c_0    conda-forge
pcre2                     10.36                h032f7d1_1    conda-forge
picrust2                  2.5.0              pyhdfd78af_0    bioconda
pip                       22.1.2             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pixman                    0.40.0               h36c2ea0_0    conda-forge
pluggy                    1.0.0            py38h578d9bd_3    conda-forge
pthread-stubs             0.4               h36c2ea0_1001    conda-forge
py                        1.11.0             pyh6c4a22f_0    conda-forge
pyparsing                 3.0.9              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
pytest                    7.1.2            py38h578d9bd_0    conda-forge
pytest-cov                3.0.0              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
python                    3.8.13          h582c2e5_0_cpython    conda-forge
python-dateutil           2.8.2              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
python_abi                3.8                      2_cp38    conda-forge
pytz                      2022.1             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
r-base                    4.0.3                hd23ff56_6    conda-forge
r-castor                  1.7.2             r40h03ef668_0    conda-forge
r-lattice                 0.20_45           r40hcfec24a_0    conda-forge
r-matrix                  1.4_1             r40h0154571_0    conda-forge
r-naturalsort             0.1.3           r40hc72bb7e_1003    conda-forge
r-nloptr                  2.0.3             r40hb13c81a_0    conda-forge
r-rcpp                    1.0.9             r40h7525677_0    conda-forge
r-rcppeigen               0.3.3.9.2         r40h43535f1_0    conda-forge
r-rspectra                0.16_1            r40h9f5de39_0    conda-forge
readline                  8.1.2                h0f457ee_0    conda-forge
scipy                     1.8.1            py38h1ee437e_0    conda-forge
sed                       4.8                  he412f7d_0    conda-forge
sepp                      4.3.10           py38h3252c3a_2    bioconda
setuptools                63.1.0           py38h578d9bd_0    conda-forge
six                       1.16.0             pyh6c4a22f_0    conda-forge
sqlite                    3.39.0               h4ff8645_0    conda-forge
sysroot_linux-64          2.12                he073ed8_15    conda-forge
tk                        8.6.12               h27826a3_0    conda-forge
tktable                   2.10                 hb7b940f_3    conda-forge
toml                      0.10.2             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
tomli                     2.0.1              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
wget                      1.20.3               ha56f1ee_1    conda-forge
wheel                     0.37.1             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
xorg-kbproto              1.0.7             h7f98852_1002    conda-forge
xorg-libice               1.0.10               h7f98852_0    conda-forge
xorg-libsm                1.2.3             hd9c2040_1000    conda-forge
xorg-libx11               1.7.2                h7f98852_0    conda-forge
xorg-libxau               1.0.9                h7f98852_0    conda-forge
xorg-libxdmcp             1.1.3                h7f98852_0    conda-forge
xorg-libxext              1.3.4                h7f98852_1    conda-forge
xorg-libxrender           0.9.10            h7f98852_1003    conda-forge
xorg-libxt                1.2.1                h7f98852_2    conda-forge
xorg-renderproto          0.11.1            h7f98852_1002    conda-forge
xorg-xextproto            7.3.0             h7f98852_1002    conda-forge
xorg-xproto               7.0.31            h7f98852_1007    conda-forge
xz                        5.2.5                h516909a_1    conda-forge
zlib                      1.2.12               h166bdaf_2    conda-forge
zstd                      1.5.2                h8a70e8d_2    conda-forge

Thanks in advance for any help ;)

[Gavin Douglas]

Hey there,

It seems like Rcpp is not installed correctly in your environment. Check out this similar problem: https://stackoverflow.com/questions/68416435/rcpp-package-doesnt-include-rcpp-precious-remove

Does re-installing Rcpp fix the problem?

Cheers,

Gavin

--
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "picrust-users" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to picrust-user...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/picrust-users/1ca085bf-86e0-4863-9fdc-e8d7b101d9f0n%40googlegroups.com.

[Matt Snelson]

Hi Gavin,

Yep, that fixed it! Thanks heaps.

FYI for those others with a same issue...it took me a little why to figure out that this had to be done on the command line in the picrust conda environment (as opposed to in Rstudio). It's just these two commands:

(picrust2) matt@m:~/analyses/picrust2$ R

> install.packages("Rcpp")