Abra o pdf com algum editor de notas e veja se há sujeiras, códigos HTML, warnings do seu sistema (do template base), etc. Isso pode atrapalhar.
E já que vc está no linux mesmo, fica a dica -> depois de corrigir esse problema, tente usar o wkhtmltopdf ao invés de mPDF, é bem mais rápido.
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Essa classe gera PDF baseado em html e css?
É isso ai cara, tinha código vazando para o seu pdf. Quanto a ferramenta gera sim, ai vc vai ter que pesquisar a melhor forma de integrar com seu framework ou código php