Muito mais rápido.
O mPDF demora na geração do PDF porque ele tem analisar toda a pagina em HTML, calcular as posições, tamanhos dos elementos e tudo mais pra depois poder gerar o PDF. Por isso, quanto maior for a pagina, mais tempo ele levará pra efetuar todos esses calculos e mais tempo ele irá demorar pra gerar o PDF.
Com o FPDF esses calculos todos ficam por sua conta, pois é você mesmo que acionará os comandos de acordo com a sua necessidade, pois será você o responsável por acionar cada comando de posicionamento dos elementos no PDF.