Olá Rui,
Têm ambos as suas vantagens, as mais interessantes já expostas aqui (no caso do netbeans, a ligação com GIT dá muito jeito, no caso do PHPStorm ouvi falar bem do debug, embora nunca tenha usado). O Eclipse acaba por ser também uma boa opção, semelhante em parte ao Netbeans mas um pouco mais leve, na minha opinião (e/ou Zend Studio) - o Netbeans é muuuuuuuuuuuuito pesado.
Pessoalmente uso o Sublime Text 2, desde que experimentei não quero outra coisa. Tem algumas lacunas, como a falta de um autocomplete decente por exemplo, mas a meu ver é o melhor (e mais simples). Podem usar de borla, portanto experimentem e vejam se gostam :) é multi-plataforma, claro.
Mais algum IDE muito usado que me tenha esquecido?
Abraço,