Sendo INI, YAML ou qualquer outro formato de arquivo de configuração, sim, leva tempo pra parsear. Mas qualquer framework que se preze faz cache dessa configuração, logo esse argumento é fraco.
2. Frameworks Require Too Many Interdependent Classes + 3. Needlessly Complicated Solutions + 4. Duplicating the Web Server Functionality
(Uni os 3 tópicos pois há uma relação entre eles)
"Another point that Rasmus mentions is that sometimes you need only specific parts of a frameworks, but since the framework classes have too many dependencies between each other, you need to load too many classes even when you use simple features of the framework.
While this is true to a certain degree, I have seen efforts from certain framework developers to reduce the dependencies between distinct components. Still there are often dependencies between many frameworks classes that sometimes do not aggregate anything to an application with specific needs."
Isso pode ser verdade, em geral, frameworks tem uma enorme quantidade de classes interdependentes. Utilizando um framework, usualmente, o caminho entre a requisição e o código que contém as regras de negócio que lidarão com a aquela requisição pode ser longo quando usamos um framework, comparado com um projeto que usa o próprio servidor web para despachar a requisição para determinado script. Mas isso vai depender do framework da sua escolha, alguns adotaram decisões de arquitetura simples. Não dá pra generalizar.
Minha conclusão:
1) É uma questão de equilíbrio entre custo e benefício escolher utilizar um framework ou não.
Qual é o seu objetivo? Produzir sua solução mais rápida, focando nas regras de negócio da sua aplicação e não se preocupando com detalhes de infraestrutura e implementação ou extrair o máximo de performance possível pra otimizar seus custos com servidores?
2) Há bons frameworks e maus frameworks
Para mim, um bom framework possui as seguintes características;
a) Possui código aberto, com uma comunidade sólida e preocupada com sua qualidade e seu desenvolvimento está ativo, onde qualquer membro da comunidade com boas idéias pode sugeri-las e tê-las aplicadas no projeto com o mínimo de burocracia possível.
b) Sua arquitetura é bem pensada, as decisões de design não são aleatórias. De preferência, que o framework seja na verdade uma "cola", unindo diversas bibliotecas independentes que poderiam até ser utilizadas sozinhas, como é o caso do Symfony2 para PHP ou do Dropwizard.io para java
c) O código é coberto por testes automatizados
É essa minha humilde opinião sobre o assunto. E vocês, o que acham?