hola Julian:
Yo he instalado php-gtk en lucid, el procedimiento ha variado un tanto. A grandes rasgos esto es lo que debes hacer:
bajar un snapshot con cvs
satisfacer las dependencias como de costumbre
compilar como de costumbre
Ya no debe modificarse los archivos .m4 pues se supone que ya ha sido corregido este error en el snapshot.
Por cierto haciendo pruebas, la extension funciona solo para lucid, con PHP 5.3.X; me parece que es porque en versiones anteriores de Ubuntu se usaba PHP 5.2.X. Compilando en karmic solo php-gtk según la vieja costumbre puedes instalar la extensión en buen número de versiones de Ubuntu mas antiguas.
De momento no encuentro donde saqué la información pero buscaré.
Saludos y suerte.
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Luis Martínez Ulloa