Você está confundindo as coisas...
Se você utiliza a API de um gateway de pagamento, você vai, no final das contas, enviar a solicitação de pagamento para a operadora. Ou seja: vai receber direto em sua conta bancária vinculada com a operada.
Se você usa o MoIP ou o PayPal, ELES enviam a solicitação de pagamento para a operadora e dão o retorno. Porém, o pagamento será recebido PELO MoIP/PayPal que vai retirar as devidas taxas e transferir o restante para sua conta.
O DirectPayment do PayPal, por exemplo, torna o processo transparente ao usuário, como você mesmo disse, porém no final das contas a grana vai pra sua conta no PayPal, visto que ele que processa o pagamento.
O que eu quero saber do José é se essa API do MoIP faz ele "virar" um gateway de pagamento, deixando todo o trabalho por nossa conta.