Каждый экземпляр eSMDR контролирует одну станцию.
Если нужно несколько: копируете программу в отдельные каталоги по числу станций.
В секции [SERVICE] для каждого экземпляра придумываете уникальное servicename и servicedisplayname
Если нужен web-интерфейс, в секции [WEB] вешаете его на разные порты.
Запись можно настроить для всех станций в один каталог, но, конечно, имена файлов должны отличаться для каждой АТС. А вот базу данных можно использовать единую для всей сети, меняя только поле pbxID.
В памяти служба eSMDR занимаете менее 10 мегабайт, так что даже на очень слабой машине можно запускать десятки экземпляров без проблем.