드론에 사용되는 GPS 모듈은 그 정확도가 수미터~수십미터까지 날 수 있습니다. (특히 고도는 꽤 차이가 납니다)
측량용 GPS 장비에 사용되는 모듈과는 애초에 정확도가 비교불가합니다.
게다가 측량용 GPS는 RTK,PPK,VRS 등 실시간 보정기능까지 있어 cm급 정확도를 가지게 되죠.
드론만으로 좌표를 산출하게 되면 애초에 GPS 모듈의 오차로 실좌표와 차이가 발생하게 됩니다. (수미터~수십미터)
이를 보정하기 위해 드론측량시 Ground Control Point를 설치하고 측량용 GPS 장비로 좌표를 취득하여 수동 매칭 포인트로 활용합니다.
이런 보정후 오차는 경우에 따라 다르지만 적어도 M급 까지는 안되고 대체로 cm 급에서 오락가락 합니다. 그러나 Z값은 그 오차가 X,Y 보다는 좀 큽니다.
(대체로 드론의 경우 WGS84 경위도 좌표계를 사용하는데 이를 현행 평면직각좌표 (5186)으로 변환하면서도 약간의 오차가 발생할 수 있습니다.)
질문하신 Z값 오차 50m는 아마도 GCP 보정을 안 했을 경우 발생한 오차같습니다.
GCP 보정후 사용하시기 바랍니다.