Olá Danilo,
Desculpe a demora para responder.
Hoje ainda não dá pra fazer isso, mas estou caminhando para um futuro que pode ser possível. Antes do Android 5 era impossível saber quando uma ligação era VoIP. A partir do 5 começaram a entrar alguns recursos para aparelhos de mais de um chip e, juntamente com isso, recursos que funcionam também para trabalhar com VoIP. Estou trabalhando em uma versão nova do app que deve mudar radicalmente a maneira como as ligações são feitas. Com essa mudança deve ser possível fazer com que o próprio app escolha qual chip usar. Esse é o primeiro passo. Uma vez isso pronto daria para estender isso pra VoIP também, porém pode não vir tão rápido pois trabalhar com VoIP no Android é um tanto mais complicado. O sistema enxerga como linhas os chips e as configurações de VoIP via o SIP nativo do aparelho. Não sei se funcionaria bem com Skype, ou com outros sistema de VoIP por exemplo. Eu sou vou saber mais detalhes quando eu chegar mais próximo disso. Não tenho como te dar um prazo pois eu faço o app no meu tempo livre e não é fácil lançar versões novas desse jeito.
Em todo caso, se você quiser ser um dos primeiros a testar você pode participar do beta. Eu devo lançar em breve (se tudo correr bem dentro de 1 mês) a versão beta que já consegue manipular os chips. Se eu conseguir achar um caminho fácil pra incluir VoIP eu já começo a trabalhar nisso em seguida. Para entrar no beta é só se inscrever pelo link abaixo:
Atenciosamente,
Denis Souza