1番安全なのは、OpenPNE3にアップグレードする時にiphoneのアドレスを元に戻してからアップグレードでしょう。現時点ではその機能はないので、オープンソースなので誰かが作ってくれるのを待つか作者さんの善意に期待するか…自分で手作業でやるか、になってしまうと思います。
ちなみに、私は同じサーバーに別ドメイン、同じデータベースでスマホ対策版を置いてiphone対策スクリプトを動かさずにテスト運用をしばらくしていましたが、特に問題は出ませんでした。まずその方法で試してみてはいかがでしょう?