OpenFOAM 1.7.xでの並列計算時のエラーについて

[Sakuma]

OpenFOAM初心者のsakumaです。

OpenFOAM1.7が出ていますのでインストールを行いました。バージョンの差による結果の違いをチェックするため，
1.6.xで計算を行ったモデルを1.7.xで計算しました。流量や反力の計算値はほぼ同じになりましたが，1.7.xでは計算終
了時に良く分からないエラーが書き出されました。

計算は4並列で実施しており，1.6.xでは次のようになって正常に終了します。
End
Finalising parallel run

が，1.7.xでは，次のようにEndの後にずらずらとエラーが書き出されます。
この影響と思いますが，reconstructParも結果を構築出来ずエラーで終わってしまいます。
End
[SAKURA-MARU:05478] *** Process received signal ***
[SAKURA-MARU:05478] Signal: Aborted (6)
[SAKURA-MARU:05478] Signal code: (-6)
[3] #0 [SAKURA-MARU:05480] *** Process received signal ***
[SAKURA-MARU:05480] Signal: Aborted (6)
[SAKURA-MARU:05480] Signal code: (-6)
[SAKURA-MARU:05479] *** Process received signal ***
[SAKURA-MARU:05479] Signal: Aborted (6)
[SAKURA-MARU:05479] Signal code: (-6)
Foam::error::printStack(Foam::Ostream&) in "/home/sakuramaru/OpenFOAM/
OpenFOAM-1.7.x/lib/linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so"
[3] #1 Foam::sigSegv::sigSegvHandler(int)[SAKURA-MARU:05480] [ 0] /
lib/libc.so.6(+0x33af0) [0x7fb623247af0]
[SAKURA-MARU:05480] [ 1] /lib/libc.so.6(gsignal+0x35) [0x7fb623247a75]
[SAKURA-MARU:05480] [ 2] /lib/libc.so.6(abort+0x180) [0x7fb62324b5c0]
[SAKURA-MARU:05480] [ 3] /lib/libc.so.6(+0x6d4fb) [0x7fb6232814fb]
[SAKURA-MARU:05480] [ 4] /lib/libc.so.6(+0x775b6) [0x7fb62328b5b6]
[SAKURA-MARU:05480] [ 5] /lib/libc.so.6(+0x77a1f) [0x7fb62328ba1f]
[SAKURA-MARU:05480] [ 6] /lib/libc.so.6(+0x7a460) [0x7fb62328e460]
[SAKURA-MARU:05480] [ 7] /lib/libc.so.6(cfree+0x73) [0x7fb623291e53]
[SAKURA-MARU:05480] [ 8] /home/sakuramaru/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/
linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so(_ZN4Foam8polyMeshD2Ev+0x10b)
[0x7fb6241ab1bb]
[SAKURA-MARU:05480] [ 9] simpleFoam() [0x417650]
[SAKURA-MARU:05480] [10] /lib/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd)
[0x7fb623232c4d]
[SAKURA-MARU:05480] [11] simpleFoam() [0x414289]
[SAKURA-MARU:05480] *** End of error message ***
[SAKURA-MARU:05479] [ 0] /lib/libc.so.6(+0x33af0) [0x7fbfdf6cdaf0]
[SAKURA-MARU:05479] [ 1] /lib/libc.so.6(gsignal+0x35) [0x7fbfdf6cda75]
[SAKURA-MARU:05479] [ 2] /lib/libc.so.6(abort+0x180) [0x7fbfdf6d15c0]
[SAKURA-MARU:05479] [ 3] /lib/libc.so.6(+0x6d4fb) [0x7fbfdf7074fb]
[SAKURA-MARU:05479] [ 4] /lib/libc.so.6(+0x775b6) [0x7fbfdf7115b6]
[SAKURA-MARU:05479] [ 5] /lib/libc.so.6(cfree+0x73) [0x7fbfdf717e53]
[SAKURA-MARU:05479] [ 6] /home/sakuramaru/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/
linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so(_ZN4Foam8polyMeshD2Ev+0x10b)
[0x7fbfe06311bb]
[SAKURA-MARU:05479] [ 7] simpleFoam() [0x417650]
[SAKURA-MARU:05479] [ 8] /lib/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd)
[0x7fbfdf6b8c4d]
[SAKURA-MARU:05479] [ 9] simpleFoam() [0x414289]
[SAKURA-MARU:05479] *** End of error message ***
[SAKURA-MARU:05478] [ 0] /lib/libc.so.6(+0x33af0) [0x7fdd7ef8faf0]
[SAKURA-MARU:05478] [ 1] /lib/libc.so.6(gsignal+0x35) [0x7fdd7ef8fa75]
[SAKURA-MARU:05478] [ 2] /lib/libc.so.6(abort+0x180) [0x7fdd7ef935c0]
[SAKURA-MARU:05478] [ 3] /lib/libc.so.6(+0x6d4fb) [0x7fdd7efc94fb]
[SAKURA-MARU:05478] [ 4] /lib/libc.so.6(+0x775b6) [0x7fdd7efd35b6]
[SAKURA-MARU:05478] [ 5] /home/sakuramaru/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/
linux64GccDPOpt/
libOpenFOAM.so(_ZN4Foam14PrimitivePatchINS_4faceENS_7SubListERKNS_5FieldINS_6VectorIdEEEES5_E13clearTopologyEv
+0x228) [0x7fdd7fe98fd8]
[SAKURA-MARU:05478] [ 6] /home/sakuramaru/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/
linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so(_ZN4Foam9polyPatchD2Ev+0x49)
[0x7fdd7fe97199]
[SAKURA-MARU:05478] [ 7] /home/sakuramaru/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/
linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so(_ZN4Foam13wallPolyPatchD0Ev+0x21)
[0x7fdd7febb621]
[SAKURA-MARU:05478] [ 8] /home/sakuramaru/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/
linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so(_ZN4Foam16polyBoundaryMeshD1Ev+0x9f)
[0x7fdd7febcd0f]
[SAKURA-MARU:05478] [ 9] /home/sakuramaru/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/
linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so(_ZN4Foam8polyMeshD2Ev+0x65)
[0x7fdd7fef3115]
[SAKURA-MARU:05478] [10] simpleFoam() [0x417650]
[SAKURA-MARU:05478] [11] /lib/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd)
[0x7fdd7ef7ac4d]
[SAKURA-MARU:05478] [12] simpleFoam() [0x414289]
[SAKURA-MARU:05478] *** End of error message ***
in "/home/sakuramaru/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/linux64GccDPOpt/
libOpenFOAM.so"
[3] #2
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 2 with PID 5480 on node SAKURA-MARU
exited on signal 6 (Aborted).
--------------------------------------------------------------------------
in "/lib/libc.so.6"
[3] #3 cfree

結果を構築できなく，弱った状況です。どのような対応をすればよろしいのでしょうか。
御存知の方がお見えでしたら教えて頂きたく思います。よろしくお願いいたします。

[E.Mogura]

E.Mogura です。

 

一仕事済んで、ようやくOpenFOAM-1.7.x に取り掛かることできるようになりました。

 

こちらでは、OpenFOAM-1.7.0 をパッケージインストールしてあった

ubuntu 10.04 上で、OpenFOAM-1.7.x を　git　で取得して　./Allwmake

したところ、すんなりコンパイル出来て、並列計算の動作も正常でした。

 

sakumaさんのインストールの状況はどうだったんでしょう？
また、単に、ディスクスペースが不足していただけだったりとか、ないですよね？

 

 

2010年8月7日9:05 Sakuma <sakura....@gmail.com>:

--
このメールは Google グループのグループ「OpenFOAM」の登録者に送られています。
このグループに投稿するには、open...@googlegroups.com にメールを送信してください。
このグループから退会するには、openfoam+u...@googlegroups.com にメールを送信してください。
詳細については、http://groups.google.com/group/openfoam?hl=ja からこのグループにアクセスしてください。

[Sakuma]

OpenFOAM初心者のsakumaです。　E.Moguraさんありがとうごさいます。

OpenFOAM 1.7.xのインストールは何とか出来ていると思います。
また，ディスクスペースも十分にあります。

今回の件ですが，良くわからない現象が発生しています。

気を取り直して再度４cpuで計算を最初からしますと，２回目は
TIME=171で計算が止まりました。
Time = 171
DILUPBiCG: Solving for Ux, Initial residual = 0.5059572, Final
residual = 0.01760546, No Iterations 2
DILUPBiCG: Solving for Uy, Initial residual = 0.1581967, Final
residual = 0.003670447, No Iterations 2
DILUPBiCG: Solving for Uz, Initial residual = 0.2500728, Final
residual = 0.007267916, No Iterations 2
DICPCG: Solving for p, Initial residual = 1, Final residual =
0.04941497, No Iterations 29
time step continuity errors : sum local = 3.832934e+24, global =
-1.913659e+22, cumulative = -1.913659e+22
DILUPBiCG: Solving for omega, Initial residual = 1, Final residual =
0.06993783, No Iterations 6
[0] #0 [2] #0 [1]
Foam::error::printStack(Foam::Ostream&)Foam::error::printStack(Foam::Ostream&)#0

Foam::error::printStack(Foam::Ostream&) in "/home/sakuramaru/OpenFOAM/
OpenFOAM-1.7.x/lib/linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so"

[0] #1 Foam::sigFpe::sigFpeHandler(int) in "/home/sakuramaru/OpenFOAM/
OpenFOAM-1.7.x/lib/linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so"
[1] #1 Foam::sigFpe::sigFpeHandler(int) in "/home/sakuramaru/OpenFOAM/
OpenFOAM-1.7.x/lib/linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so"
[2] #1 Foam::sigFpe::sigFpeHandler(int) in "/home/sakuramaru/OpenFOAM/
OpenFOAM-1.7.x/lib/linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so"
[0] #2 in "/home/sakuramaru/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/
linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so"
[1] #2 in "/home/sakuramaru/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/
linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so"。。。。。。。以降省略

タイムステップ5回ごとに流入，流出を書き出していますが，
Time = 160で流入，流出は同じでしたが
faceSource inlet_FlowRate output:
sum(inlet_Mesh) for phi = -14.08217
faceSource outlet_FlowRate output:
sum(outlet_Mesh) for phi = 14.08217

Time=165では，流出でおかしな値になっています。
faceSource inlet_FlowRate output:
sum(inlet_Mesh) for phi = -14.08217
faceSource outlet_FlowRate output:
sum(outlet_Mesh) for phi = 1.073217e+09

この辺りが原因で止まったと思います。

もう一度計算を初めからすると，
Time=1000 の最終まで計算でき，エラーは出ませんでしたが，
また別の良くわからない事が起きます。

Time=995まで流入，流出はほぼ同じ値になっていますが，
faceSource inlet_FlowRate output:
sum(inlet_Mesh) for phi = -14.08217
faceSource outlet_FlowRate output:
sum(outlet_Mesh) for phi = 14.08217

Time=1000で，突然流出がおかしな値になっています。
faceSource inlet_FlowRate output:
sum(inlet_Mesh) for phi = -14.08217
faceSource outlet_FlowRate output:
sum(outlet_Mesh) for phi = -412.4081

simpleFoamで，RASN，kOmegaSSTの至って標準的な
解析を実施していると自分自身では思っていますが。

なぜこのように計算をするたびに計算結果が変わるのでしょうか。
1.7.xの並列計算は何か問題を含んでいるのでしょうか？

On 8月9日, 午前9:52, "E.Mogura" <seikun...@gmail.com> wrote:
> E.Mogura です。
>
> 一仕事済んで、ようやくOpenFOAM-1.7.x に取り掛かることできるようになりました。
>
> こちらでは、OpenFOAM-1.7.0 をパッケージインストールしてあった
> ubuntu 10.04 上で、OpenFOAM-1.7.x を git で取得して ./Allwmake
> したところ、すんなりコンパイル出来て、並列計算の動作も正常でした。
>
> sakumaさんのインストールの状況はどうだったんでしょう？
> また、単に、ディスクスペースが不足していただけだったりとか、ないですよね？
>

> 2010年8月7日9:05 Sakuma <sakura.maru...@gmail.com>:

> > libOpenFOAM.so(_ZN4Foam14PrimitivePatchINS_4faceENS_7SubListERKNS_5FieldINS-_6VectorIdEEEES5_E13clearTopologyEv

> > このグループから退会するには、openfoam+u...@googlegroups.com<openfoam%2Bunsub...@googlegroups.com>にメールを送信してください。
> > 詳細については、http://groups.google.com/group/openfoam?hl=jaからこのグループにアクセスしてください。- 引用テキストを表示しない -
>
> - 引用テキストを表示 -

[Sakuma]

OpenFOAM初心者のsakumaです。

4回目の並列計算を同じモデルでしました。
今回は，Time=873でエラーしました。まったく分けがわかりません。

Time = 873
DILUPBiCG: Solving for Ux, Initial residual = 1.268269e-08, Final
residual = 1.268269e-08, No Iterations 0
DILUPBiCG: Solving for Uy, Initial residual = 3.731952e-15, Final
residual = 3.731952e-15, No Iterations 0
DILUPBiCG: Solving for Uz, Initial residual = 2.372947e-15, Final
residual = 2.372947e-15, No Iterations 0

DICPCG: Solving for p, Initial residual = 1, Final residual =

0.04882977, No Iterations 169
time step continuity errors : sum local = 3719971, global = 431287.8,
cumulative = 431287.8
[3] #0 [1] #0 [0] #0 [2] #0
Foam::error::printStack(Foam::Ostream&)Foam::error::printStack(Foam::Ostream&)Foam::error::printStack(Foam::Ostream&)Foam::error::printStack(Foam::Ostream&)
in in "/home/sakuramaru/"/home/sakuramaru/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/
linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so"
[2] #1 OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so"
[1] #1
Foam::sigFpe::sigFpeHandler(int)Foam::sigFpe::sigFpeHandler(int) in "/
home/sakuramaru/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/linux64GccDPOpt/
libOpenFOAM.so"
[3] #1 Foam::sigFpe::sigFpeHandler(int) in "/home/sakuramaru/OpenFOAM/
OpenFOAM-1.7.x/lib/linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so"

[0] #1 Foam::sigFpe::sigFpeHandler(int) in "/home/sakuramaru/OpenFOAM/
OpenFOAM-1.7.x/lib/linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so"

[1] #2 in "/home/sakuramaru/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/
linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so"
[3] #2 in "/home/sakuramaru/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/
linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so"
[2] #2 in "/home/sakuramaru/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/lib/
linux64GccDPOpt/libOpenFOAM.so"。。。。。以降省略

また，残差プロットも毎回異なっているような状況です。初めから入れ直すしか対策はないものでしょうか？

On 8月9日, 午後10:30, Sakuma <sakura.maru...@gmail.com> wrote:
> OpenFOAM初心者のsakumaです。　E.Moguraさんありがとうごさいます。
>
> OpenFOAM 1.7.xのインストールは何とか出来ていると思います。
> また，ディスクスペースも十分にあります。
>
> 今回の件ですが，良くわからない現象が発生しています。
>
> 気を取り直して再度４cpuで計算を最初からしますと，２回目は
> TIME=171で計算が止まりました。
> Time = 171
> DILUPBiCG: Solving for Ux, Initial residual = 0.5059572, Final
> residual = 0.01760546, No Iterations 2
> DILUPBiCG: Solving for Uy, Initial residual = 0.1581967, Final
> residual = 0.003670447, No Iterations 2
> DILUPBiCG: Solving for Uz, Initial residual = 0.2500728, Final
> residual = 0.007267916, No Iterations 2
> DICPCG: Solving for p, Initial residual = 1, Final residual =
> 0.04941497, No Iterations 29
> time step continuity errors : sum local = 3.832934e+24, global =
> -1.913659e+22, cumulative = -1.913659e+22
> DILUPBiCG: Solving for omega, Initial residual = 1, Final residual =
> 0.06993783, No Iterations 6
> [0] #0 [2] #0 [1]

> Foam::error::printStack(Foam::Ostream&)Foam::error::printStack(Foam::Ostrea-m&)#0

> > > libOpenFOAM.so(_ZN4Foam14PrimitivePatchINS_4faceENS_7SubListERKNS_5FieldINS--_6VectorIdEEEES5_E13clearTopologyEv

> ...
>
> もっと読む ≫- 引用テキストを表示しない -
>
> - 引用テキストを表示 -

[Sakuma]

OpenFOAM初心者のsakumaです。

まだこのエラーが解決できずに困っています。
その後何度か同じ計算を流しましたが，PCがブルースクリーンになるなど
その他のエラーが出るので，1.7.Xの再度のコンパイル，WINDOWS7も再度
インストールしましたがまだ解決しません。

今度はこんなエラーが出ます。

Finalising parallel run
[SAKURA-MARU:28044] [[16993,1],3]-[[16993,0],0] mca_oob_tcp_msg_recv:
readv failed: Connection timed out (110)
[SAKURA-MARU:28044] [[16993,1],3] routed:binomial: Connection to
lifeline [[16993,0],0] lost
[SAKURA-MARU:28043] [[16993,1],2]-[[16993,0],0] mca_oob_tcp_msg_recv:
readv failed: Connection timed out (110)
[SAKURA-MARU:28043] [[16993,1],2] routed:binomial: Connection to
lifeline [[16993,0],0] lost
[SAKURA-MARU:28042] [[16993,1],1]-[[16993,0],0] mca_oob_tcp_msg_recv:
readv failed: Connection timed out (110)
[SAKURA-MARU:28042] [[16993,1],1] routed:binomial: Connection to
lifeline [[16993,0],0] lost
[SAKURA-MARU:28041] [[16993,1],0]-[[16993,0],0] mca_oob_tcp_msg_recv:
readv failed: Connection timed out (110)
[SAKURA-MARU:28041] [[16993,1],0] routed:binomial: Connection to
lifeline [[16993,0],0] lost
--------------------------------------------------------------------------
mpirun has exited due to process rank 0 with PID 28041 on
node SAKURA-MARU exiting without calling "finalize". This may
have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------

また，動きがおかしくなり始めた頃にシステムモニタ/プロセスを見ると，
4並列で計算しているsimpleFoamの休止中の関数としてpoll_schedule_timeout
と表示されており，グーグル等で見ると色々な書き込みがありますが良くわかりません。

このような状態の方はおられませんでしょうか。

On 8月11日, 午前9:43, Sakuma <sakura.maru...@gmail.com> wrote:
> OpenFOAM初心者のsakumaです。
>
> 4回目の並列計算を同じモデルでしました。
> 今回は，Time=873でエラーしました。まったく分けがわかりません。
>
> Time = 873
> DILUPBiCG: Solving for Ux, Initial residual = 1.268269e-08, Final
> residual = 1.268269e-08, No Iterations 0
> DILUPBiCG: Solving for Uy, Initial residual = 3.731952e-15, Final
> residual = 3.731952e-15, No Iterations 0
> DILUPBiCG: Solving for Uz, Initial residual = 2.372947e-15, Final
> residual = 2.372947e-15, No Iterations 0
> DICPCG: Solving for p, Initial residual = 1, Final residual =
> 0.04882977, No Iterations 169
> time step continuity errors : sum local = 3719971, global = 431287.8,
> cumulative = 431287.8
> [3] #0 [1] #0 [0] #0 [2] #0

> Foam::error::printStack(Foam::Ostream&)Foam::error::printStack(Foam::Ostrea-m&)Foam::error::printStack(Foam::Ostream&)Foam::error::printStack(Foam::Ost-ream&)

> > Foam::error::printStack(Foam::Ostream&)Foam::error::printStack(Foam::Ostrea--m&)#0