Google Colabで ./Allrun を行うとエラーが出てしまいます。

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golang

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Jun 22, 2022, 4:55:54 AMJun 22
to OpenFOAM
現在、Google ColabでOpenFOAMの計算に挑戦しています。
しかし、OpenFOAMのインストール後、計算してほしい
設定ファイル群を計算してくれません。
どなたか修正方法を教えていただくとありがたいです。

[詳細]
XSimというサイトで流体シミュレーションの計算設定ファイル群を作成します。
その後、XSimからダウンロードした計算設定ファイルに対して
以下のコマンドを実行して計算を行いました。
%%bash
cd .
cd /content/sphere/ <--自分のGoogleDrive内にXSImの計算設定ファイルに移動しました。
chmod +x All*
./Allrun
(実際に入力したコマンドの一部になります。コマンドの全体は
下の方に示してありますのでご覧ください。)
しかし、以下のようなエラーが出てしまい計算が実行できませんでした。
./Allrun: 3: .: Can't open /bin/tools/RunFunctions


*シミュレーションの計算に挑戦したXSimの計算設定ファイルをローカルPC上で
上記のコマンドを入力すると計算することができ、
正しい計算結果を得ることができました。
[ローカルPC上で入力したコマンド]
cd ~/XSimのse設定ファイル群のrootフォルダー/
chmod +x All*
./Allrun

[実際に入力したコマンド]
%%bash
sh -c "wget -O - http://dl.openfoam.org/gpg.key | apt-key add -"
add-apt-repository http://dl.openfoam.org/ubuntu
apt-get update
apt-get -y install openfoam8
cd .
cd /content/sphere/ <--自分のGoogleDrive内にXSImの計算設定ファイルに移動しました。
chmod +x All*
./Allrun

このメールに添付しているzipファイルがXSimの計算設定ファイルをまとめたものです。

ご指導の程よろしくお願いします。



sphere.zip

Hideaki Kominami

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Jun 22, 2022, 7:05:46 AMJun 22
to open...@googlegroups.com
golangさん

kominamiです。

OpenFoam用の端末で、以下のコマンドを順番に入力してみてください。

cd $WM_PROJECT_DIR
cd bin/tools
ls RunFunctions

正常ならば、RunFunctions というファイル名が表示されます。
何かエラーメッセージが出ているのならば、使用しているOpenFOAMの環境を調べてください。

以上 よろしくお願いいたします。

2022年6月22日(水) 17:55 golang <r.rst...@gmail.com>:
--
このメールは Google グループのグループ「OpenFOAM」に登録しているユーザーに送られています。
このグループから退会し、グループからのメールの配信を停止するには openfoam+u...@googlegroups.com にメールを送信してください。
このディスカッションをウェブ上で閲覧するには https://groups.google.com/d/msgid/openfoam/0642be4e-73a9-42e8-8a21-3beddea0a8adn%40googlegroups.com にアクセスしてください。

haruka tsubota @xsim.info

unread,
Jun 22, 2022, 7:21:43 AMJun 22
to OpenFOAM
見た感じOpenFOAMにパスが通ってないですね。

Google Colab の .bashrc 周りがどうなっているのかわからないですが、$HOME/.bashrc  があるなら以下のようにすると良いと思います。

echo "source /opt/openfoam8/etc/bashrc" >> $HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc

ない場合は「source /opt/openfoam8/etc/bashrc」を行なうといいのではないでしょうか。
ただし、その場合、セッションごとに行なう必要があると思います。

2022年6月22日水曜日 17:55:54 UTC+9 r.rst...@gmail.com:

golang

unread,
Jun 27, 2022, 3:46:55 AMJun 27
to OpenFOAM
ご回答していただきありがとうございます。

教えていただいたファイルの有無を確認したところ
そもそも、binディレクトリ内にtoolsというディレクトリが存在しませんでした。
.bashrcはあったのですが、 RunFunctionsは存在しないようです。

[検索するために入力したコマンド]
%%bash
sudo find / -name RunFunctions

[結果]
find: ‘/proc/29/task/29/net’: Invalid argument find: ‘/proc/29/net’: Invalid argument

自分のローカルPCからRunFunctionsというファイルを無理やり持ってくることはGoogle Colabの性質上
難しい気がします。何か良い解決案があれば教えていただきたいです。

2022年6月22日水曜日 20:21:43 UTC+9 haruka tsubota @xsim.info:
Message has been deleted

haruka tsubota @xsim.info

unread,
Jun 27, 2022, 7:46:00 AMJun 27
to OpenFOAM
1.
おそらく正しく確認できていません。
find で見つからない場合は「find: ‘RunFunctions’: No such file or directory」といった風に表示されるはずですが、そうなっていません。
理解できていない間は自分で工夫するのではなく、指示通りにやった方がいいです。
具体的には


cd $WM_PROJECT_DIR
cd bin/tools
ls RunFunctions

と実行して表示を確認した方がいいです。
どうしても1コマンドでやりたければ「ls $WM_PROJECT_DIR/bin/tools/RunFunctions」でもいいです。

2.
もし本当に RunFunctions が存在しないのなら OpenFAOM のインストールに失敗しています。
「simpleFoam -help」と入力して正しく simpleFoam のヘルプが表示されるようになるまで OpenFAOM のインストールをやり直してください。

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