解析に使用しているモデルは流体部分のみの形状を表現しています。つまり壁などは存在していません。
自分で質問しておいてなんですが、もしかしたらこれが影響しているのかもしれません。
確認してみます。
ちなみに壁ありのモデルで行ったのですが結果は同じでした。
また、他のpcでは各ソフトのバージョン、読み込むモデルが同じでも問題なくopacityが使えました。
allisonvacantiさんのコメントにあるように、ドライバー等の問題かもしれません。引き続き試行錯誤してみます。
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3Dグラフィックのアクセラレーションの設定をOFFに変更したらVMWareでもopacity 問題が発生しなくなりました。
アドバイスありがとうございます。
恥ずかしながら3Dグラフィックアクセラレーションが何か分からなかったので参考のため載せておきます。
http://sp.e-words.jp/w/3Dグラフィックスアクセラレータ.html