decomposeperdictのエラーに関して

[佐藤]

お世話になります．

現在，オーバーセットメッシュを用いた回転体に関する空力解析を行っております．

decomposeperdictを実行しようとすると，以下の様なエラーメッセージが出てしまいます．

このエラーに関して解決方法がわからず，困っています．

// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
Create time



Decomposing mesh region0

Create mesh

Calculating distribution of cells
Selecting decompositionMethod hierarchical [4]

Finished decomposition in 12.63 s

Calculating original mesh data

Distributing cells to processors

Distributing faces to processors

Distributing points to processors

Constructing processor meshes
Reading hexRef8 data : cellLevel
Reading hexRef8 data : pointLevel
Reading hexRef8 data : level0Edge
#0  Foam::error::printStack(Foam::Ostream&)sh: 1: addr2line: not found
 addr2line failed
#1  Foam::sigSegv::sigHandler(int)sh: 1: addr2line: not found
 addr2line failed
#2  ?sh: 1: addr2line: not found
 addr2line failed
#3  Foam::hexRef8Data::hexRef8Data(Foam::IOobject const&, Foam::hexRef8Data const&, Foam::List<int> const&, Foam::List<int> const&)sh: 1: addr2line: not found
 addr2line failed
#4  ?sh: 1: addr2line: not found
 addr2line failed
#5  ?sh: 1: addr2line: not found
 addr2line failed
#6  __libc_start_mainsh: 1: addr2line: not found
 addr2line failed
#7  ?sh: 1: addr2line: not found
 addr2line failed
Segmentation fault (core dumped)

また，decomposeperdictの中身は以下の様になっています．

// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //

numberOfSubdomains 4;

method          hierarchical;

coeffs
{
    n           (1 4 1);
}

// ************************************************************************* //

このエラーに関しまして，何かアドバイスをいただければ幸いです．

よろしくお願いいたします．

[はんままにあ]

はんままにあです。

モデルの外形などがわからないと回答が出来ないです。

もう少し情報出せませんでしょうか。

よろしくお願いします。

[sato]

はんままにあ様

 

ご返信ありがとうございます．

モデルの外形図を添付させていただきます．

 

1枚目の写真の様に，15D×10D×5D (D=1.8m)の空間内に風車を配置しています．

また，2枚目の写真は重合格子領域の外観図で，風車モデルを囲むようにオーバーセットパッチを作成しています．

また，使用しているバージョンはv1912です．

 

 

 

OpenFOAMの歩き方を参考にオーバーセットの使い方諸々を勉強させていただきました．

この場を借りてお礼申し上げます．

2020年6月16日火曜日 21時30分53秒 UTC+9 はんままにあ:

はんままにあです。

モデルの外形などがわからないと回答が出来ないです。

もう少し情報出せませんでしょうか。

よろしくお願いします。

[はんままにあ]

sato様

はんままにあです。

取り急ぎですが以下点について、

もしご確認されているようでしたら、

教えていただきたく願います。

・1コアで計算を実行すれば計算はスタートしますか？

・違う分割数、分割方向なら計算できますか？

OpenFOAMのdecomposePar関係のエラーでチェックする項目として、

境界のインターフェースとなる面上でメッシュを切り分けたときに

よくエラーが出るので、お聞きしております。

個人的には回転物のある計算では、回転物の回転軸方向でメッシュをdecomposeParする（拝見したメッシュだとX方向）ようにして、

境界のインターフェース（今だとoversetのPatch面）で分割されないようにしています。

他に心当たりないか、考えて見ますので、

もし、実施されていないようでしたら

ご検討いただければと思います。

よろしくお願いいたします。

[sato]

はんままにあ様

お世話になっております．satoです．

早速のご返信ありがとうございます．

まず，1コアでの計算についてはうまく実行されます．

違う分割数，分割方法での実行についてですが，やはり先ほど送った内容と同様のエラーが返されます．

X方向への分割も試みましたが，失敗してしまいます．

以下，試みた条件です．

①

分割方法： hierarchical 

分割数：4(X方向に4分割，Y,Z方向分割無し)

②

分割方法： hierarchical 

分割数：2(X方向に2分割，Y,Z方向分割無し)

③

分割方法： scotch

分割数：4

③

分割方法： scotch

分割数：2

お忙しい中，大変恐縮でございます．

何かご指摘あればぜひよろしくお願いいたします．

2020年6月16日火曜日 23:15:26 UTC+9 hamma...@gmail.com:

[はんままにあ]

sato様

はんままにあです。

1コアで計算流れるとすると、条件やパッチ関係ではなさそうですね。

また、分割のトライ結果についてのご共有、ありがとうございます。

インターフェースを踏んでいるわけでもなさそうですね。

何か思いついたら書き込ませていただきます。

よろしくお願いいたします。

あと、まれにですが、OpenFOAMのバージョン変えるとoversetが動くかどうかが変わることがあるので、

そちらについてもコメントさせていただきます。

（特にv1812以降ソースコードの書き換えが多く、結果が大きく変わることがあります。）

[sato]

はんままにあ様

satoです．お世話になっております．

ありがとうございます．何かあればよろしくお願いいたします．

また，バージョン変更の件，試してみようと思います．

2020年6月17日水曜日 0:07:43 UTC+9 hamma...@gmail.com:

[はんままにあ]

sato様

はんままにあです。

手持ちのデータでは再現が出来なさそうなので、少しでも参考になりそうな情報がないか調べてみました。

一つ目は並列のsnappyHexMeshの話ですが、同様にaddr2lineのエラーが出た時に、マシンのリソースかスペック不足で実行が出来ていなさそうだという投稿がCFD Onlineにありました。メッシュの規模を落として確認していただくのも一つ確認事項になるかと思います。(他にも色々書いてありますが)

https://www.cfd-online.com/Forums/openfoam-meshing/218181-addr2line-failed-error.html

もう一つはdecomposeParDictの記述で、特定のパッチを同じCPUで処理するようにバインドする指定があるのですが、oversetについてもある条件では使うように書いてあります。該当するかはわかりませんが、こちらもお伝えしておきます。

https://www.openfoam.com/documentation/guides/latest/doc/openfoam-guide-parallel.html

根本の解決策でなく申し訳ないですが、検討の一助になれば幸いです。

[sato]

はんままにあ様

お世話になっております。satoです。

はんままにあ様のアドバイスに沿って、メッシュの規模を多少落として確認したところ、ひとまずdecomposeperdictを正しく実行することができました。

本当にありがとうございました。

(ちなみに、バージョンをv1906に変更した結果は変わりませんでした。)

しかし、その後のソルバー(pimpleDymFOAM)の実行中に以下のようなエラーが発生しました。

おそらく並列処理に関するエラーであると推定され、当方も調べながら解決に臨んでいる状況です。

お忙しいところ大変恐縮ですが、何かご意見いただければ幸いでございます。

/*---------------------------------------------------------------------------*\

| =========                 |                                                 |

| \\      /  F ield         | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox           |

|  \\    /   O peration     | Version:  v1912                                 |

|   \\  /    A nd           | Website:  www.openfoam.com                      |

|    \\/     M anipulation  |                                                 |

\*---------------------------------------------------------------------------*/

Build  : _f3950763fe-20191219 OPENFOAM=1912

Arch   : "LSB;label=32;scalar=64"

Exec   : overPimpleDyMFoam -parallel

Date   : Jun 18 2020

Time   : 01:43:33

Host   : DESKTOP-4DINFVU

PID    : 2708

I/O    : uncollated

Case   : /mnt/d/OpenFOAM/200518mesh_test7a/overset

nProcs : 4

Hosts  :

(

    (DESKTOP-4DINFVU 4)

)

Pstream initialized with:

    floatTransfer      : 0

    nProcsSimpleSum    : 0

    commsType          : nonBlocking

    polling iterations : 0

trapFpe: Floating point exception trapping enabled (FOAM_SIGFPE).

fileModificationChecking : Monitoring run-time modified files using timeStampMaster (fileModificationSkew 10)

allowSystemOperations : Allowing user-supplied system call operations

// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //

Create time

Create mesh for time = 0

Selecting dynamicFvMesh dynamicOversetFvMesh

Selecting motion solver: multiSolidBodyMotionSolver

Applying solid body motion to entire mesh

Selecting solid-body motion function rotatingMotion

Applying solid body motion rotatingMotion to 4955458 points of cellZone movingZone

PIMPLE: Operating solver in PISO mode

Reading field p

Reading field U

Reading/calculating face flux field phi

Creating cellMask field to block out hole cells

Creating interpolatedCells field 

Selecting incompressible transport model Newtonian

Selecting turbulence model type laminar

Selecting laminar stress model Stokes

Reading/calculating face velocity Uf

No MRF models present

No finite volume options present

Courant Number mean: 0.0003906030762 max: 0.01270733048

Starting time loop

Courant Number mean: 0.0003906030762 max: 0.01270733048

deltaT = 0.003333333333

Time = 0.00333333

inverseDistance : detected 2 mesh regions

    zone:0 nCells:2173696  voxels:(113 113 113) bb:(-8.00001961 -8.00001961 -4.00001961) (0.03557516602 8.00001961 4.00001961)

    zone:1 nCells:3679421  voxels:(113 113 113) bb:(-0.2399704871 -0.9831912548 -0.7795561714) (6.212760646e-05 0.6896687801 0.9503792144)

Overset analysis : nCells : 5853117

    calculated   : 3651431

    interpolated : 31347 (interpolated from local:27999  mixed local/remote:2383  remote:953)

    hole         : 2170339

PIMPLE: iteration 1

-------------------------------------------------------

Primary job  terminated normally, but 1 process returned

a non-zero exit code.. Per user-direction, the job has been aborted.

-------------------------------------------------------

--------------------------------------------------------------------------

mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing

the job to be terminated. The first process to do so was:

  Process name: [[56986,1],0]

  Exit code:    142

--------------------------------------------------------------------------

2020年6月17日水曜日 23時44分30秒 UTC+9 はんままにあ:

[sato]

メッシュの改良により，うまく実行することができました．

また分割領域に関して，分割面がパッチ面(オーバーセットパッチやロータパッチ)に干渉していてもうまく動作してくれるようです．

2020年6月18日木曜日 2:11:00 UTC+9 sato:

[はんままにあ]

sato様

はんままにあです。

うまくいったようで何よりです。