E.Mogura です
どなたからもコメントがないようなので、口火を切らせていただきます。
Sakumaさんの経験されたエラー
***Number of edges not aligned with or perpendicular to non-empty
であったかどうか記憶は定かでありませんが、
snappyHexMeshで作成したメッシュをcheckMeshにかけてエラーになる、
という経験は、現実の製品CADなど複雑形状を使った場合、毎度のことです。
MaxSkewのエラーなんかは、Dictパラメタで調整でき、これを小さくして
収束しやすくする(そのかわりメッシュの作成時間は長くなる)
といった経験はありますが、
それ以外は、せいぜいエラー箇所を表示確認する程度。
よほどたくさんの箇所で、主流領域にも存在。
それが原因で計算が動かない(発散する)可能性が大
ということでもあればともかく、計算が動いてくれればそのまま流しています。
経験的には、この種のエラーが原因で発散した例は非常に少ないです。
初めてのケースで発散した時点では、まずこれを疑うのですが、
ほとんどの場合、境界条件や乱流条件に問題ありの場合が多いです。
以上、反例(論)もあるかとは思いますが・・・