Una solución para salir del paso:
Haces una transferencia y pagas al proveedor sin tener la factura. Haces un asiento contable manual así:
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1000 € 40700000 Anticipos a proveedores
a 57200003 B. Santander 1000 €
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Creas un diario para la cuenta de anticipos.
Cuando te llega la factura, la registras, pinchas en pagar y eliges como cuenta de tesorería, la cuenta de anticipos, que te tendría que aparecer en la persianita de elegir el banco con el que pagas. No pagas con un banco, pues ya pagaste, aplicas el saldo del anticipo.
Saludos