Hola Fernando,
nosotros lo hacemos en 3 facturas y nos funciona. (utilizamos el modulo dua y dua_sii)
1 Factura al importador extranjero (ponemos los productos a importar y en referencia la de la factura del proveedor), no se sube al SII
2 Factura al transportista, con el numero de DUA y con el total del DUA con tasas "DUA Validacion ....." y en negativo el mismo importe con tasa "DUA Compensacion". Esto se sube al SII y hace el cambio de nombre automatico!!!!
3 Factura con los servicios del transportista (en un diario separado con numeracion separada y no se sube al SII)
No se si te servirá de ayuda.
saludos.