Es que (yo creo que) el de dependencias, está pensado para los diagramas de Gantt, etc...
Y con el de dependencias, el timeline, y un poquito de trabajo más, se pueden tener diagramas de Gantt al "estilo MS Project", jejejejeje.
Las subtareas es que tengas una tarea, y esa tarea está compuesta por subtareas; pero, no está tan claro el orden, etc.
Le veo mucha más utilidad a la hora de jugar con la "visibilidad" de cara al cliente final; es decir, el proyecto "padre" sí lo ve el cliente, pero en el de subtareas sea en el que tú vas a llevar la gestión real.
Pero, vamos, yo creo que el concepto de dependencia es diferente; es decir, yo no puedo ir a ver el Guggenheim, sin viajar antes a Bilbao.
Aunque en la parte de proyectos, se puede hacer la gestión un poco al gusto.. De hecho, para mi es gran parte de la gracia :)
Saludos.