Desconozco si el problema a lo mejor viene porque hay algún ubicación que no estás actualizando (nosotros tenemos una única ubicación)
El código interno del producto es otra cosa, el número de serie es el que ponemos cuando transferimos un producto tras hacer la compra/venta si queremos ponerlo. Para corregir el fallo nosotros vamos a el producto en cuestión, pestaña de inventarios, actualizar cantidad a mano, en la cantidad ponemos 0 y desplegamos los números de serie, vamos seleccionando uno a uno hasta que encontramos cuál es el problemático
Un saludo