Hola Abel:
Seguramente lo que pasó fue que guardaste solamente la escena, pero no guardaste los niveles que usaste en ella (por lo tanto se perdieron y por eso, al no encontrarlos, te los marca en rojo).
En OpenToonz cada nivel de animación se guarda en su propio archivo en el disco, eso permite reutilizar un mismo nivel en varias escenas.
La contra de eso es que hay que estar atento en el momento de cerrar nuestra sesión de trabajo y no sólo guardar la escena, sino también los niveles usados en la misma.
Para eso hay un comando muy útil en el menú Archivo, que se llama Guardar todo. Como su nombre lo indica, guarda la escena actual y todos los niveles en ella, que hubieran sido modificados desde fueron cargados.
Saludos!