Saludos, por casualidad tienes diferentes capas en la escena? Por ejemplo una en la que tienes la imagen de fondo y otra en la que estas dibujando?
Aunque OpenToonz es un programa de animación en 2D, cuando dibujas, estas dibujando en un espacio tridimensional. Cada vez que creas una capa, OpenToonz las coloca juntas en el mismo espacio, lo que puede causar ese efecto.
La solución es haciendo algunos ajustes para que una capa este encima de otra. En este post anterior hay un ejemplo: