Hola Helen:
No es el programa que haga nada mal, es que tenés que aprender a usarlo.
OpenToonz no guarda en el archivo de escena los dibujos de cada nivel de animación. Éstos se guardan en archivos individuales, lo que permite reutilizar los niveles en varias escenas distintas, si fuera necesario.
Para asegurarte de que antes de salir de una escena, todos tus niveles hayan sido guardados tenés que usar la opción "Guardar todo", en vez de sólo "Guardar escena".
"Guardar todo" va a guardar tu escena y, además, todos los niveles de animación que estén siendo usados en la escena, que tuvieran cambios no guardados.
(Si usás "Guardar escena solamente va a guardar la escena, esto es, datos respecto a qué dibujos de qué niveles se usan cuándo, la animación por fotogramas clave, la posición de la cámara. etc. pero no los niveles de animación en sí mismos).