lo único que me despierta sospechas de lo que mostrás en el video, es el proceso que usás para extraer los archivos de dentro del RAR.
desde mi desconocimiento de Mac y mi conocimiento de Windows diría que al simplemente hacer doble clic sobre un archivo comprimido el archivo no se extrae realmente, sino que se muestra "como si fuera" una carpeta, con todo el contenido visible (pero que realmente se está accediendo desde dentro del RAR).
reitero, no tengo idea de las aplicaciones que existen en Mac, por lo que perfectamente podría bastar un doble clic sobre el archivo para efectivamente extraerlo.
pero bueno, en caso de que fuera como en Windows y el archivo no se hubiera extraído realmente, quizás allí podría residir el problema de OpenToonz para guardar luego.
(eso no explica por qué sí puede guardar la primera vez, pero bueno, puedo adjudicarle a alguna "magia" del propio sistema operativo que permita hacerlo esa primera vez y después ya se "desconecta" del RAR real).
fuera de eso, todo parece normalísimo...