Saludos Juanma, si el dibujo esta hecho con vectores es posible que se deba a un antiguo error en Open Toonz, donde un punto de control o vértice corrupto, ocasiona que el color de relleno desaparezca después de haber guardado la escena.
Prueba seleccionando y cambiando los puntos del vector, en el área afectada, a un "Punto de control Lineal" o "Punto de control Bezier", y después pones el color. Para hacer esto seleccionas el vector con la herramienta llamada "Editar puntos de control" en la barra de herramientas a la izquierda. Seleccionas todos puntos del área arrastrando con clic izquierdo, y después haces clic derecho. En este menú podrás elegir "Punto de control Lineal" o "Punto de control Bezier".