Unexpected change of carbon z coordinate in geometry optimziation

[Jibiao Li]

 Hi, All

I try to optimize CO adsorption on Cu(111) using a slab model. The initial coordinates for all atoms are correctly given, however, the calculation unexpectedly changed  the position of  the carbon atom (basically pushed the carbon atom into the slab with very small distances). 

The run keeps on complaining "!! SOME DISTANCES VERY SHORT. CHECK COORDINATES !"

Why the z coordinate of the carbon atom is so strange ? 

Your help is much appreciated!

                            Geometry "geometry" -> ""
                             -------------------------
 
 Output coordinates in angstroms (scale by  1.889725989 to convert to a.u.)
 
  No.       Tag          Charge          X              Y              Z
 ---- ---------------- ---------- -------------- -------------- --------------
    1 O                    8.0000     1.71227023     0.40822846     8.29801632
    2 C                    6.0000     1.71227023     0.40822846     3.98448132
    3 Cu                  29.0000     0.00000000     0.00000000     6.86017132
    4 Cu                  29.0000     3.12919340     0.98697562     6.86017132
    5 Cu                  29.0000     0.29534704    -0.17051870     6.86017132
    6 Cu                  29.0000     3.42454044     0.81645693     6.86017132
    7 Cu                  29.0000     4.84146362    -1.39841219     6.86017132
    8 Cu                  29.0000     5.13681067    -1.56893089     6.86017132
    9 Cu                  29.0000     1.71227023     0.40822846     6.86017132
   10 Cu                  29.0000     3.42454044    -1.97715934     6.86017132
   11 Cu                  29.0000     0.00000000     2.79361627     6.86017132
   12 Cu                  29.0000     0.00000000     6.90747752     5.14512850
   13 Cu                  29.0000     0.29534704     6.73695882     5.14512850
   14 Cu                  29.0000     1.71227023     4.52208971     5.14512850
   15 Cu                  29.0000     4.84146362    -2.05853467     5.14512850
   16 Cu                  29.0000     2.00761727     4.35157101     5.14512850
   17 Cu                  29.0000     5.13681067    -2.22905337     5.14512850
   18 Cu                  29.0000     5.13681067     2.54493036     5.14512850
   19 Cu                  29.0000     1.71227023    -0.25189402     5.14512850
   20 Cu                  29.0000     3.42454044     4.93031817     5.14512850
   21 Cu                  29.0000     3.42454044     1.47657941     3.43008568
   22 Cu                  29.0000     0.00000000     6.24735504     3.43008568
   23 Cu                  29.0000     1.71227023     3.86196722     3.43008568
   24 Cu                  29.0000     4.84146362     2.05532657     3.43008568
   25 Cu                  29.0000     5.13681067     1.88480788     3.43008568
   26 Cu                  29.0000     0.00000000     3.45373876     3.43008568
   27 Cu                  29.0000     3.12919340     4.44071438     3.43008568
   28 Cu                  29.0000     0.29534704     3.28322006     3.43008568
   29 Cu                  29.0000     3.42454044     4.27019569     3.43008568
   30 Cu                  29.0000     0.00000000     0.00000000     1.71504282
   31 Cu                  29.0000     3.12919340     0.98697562     1.71504282
   32 Cu                  29.0000     0.29534704    -0.17051870     1.71504282
   33 Cu                  29.0000     3.42454044     0.81645693     1.71504282
   34 Cu                  29.0000     4.84146362    -1.39841219     1.71504282
   35 Cu                  29.0000     5.13681067    -1.56893089     1.71504282
   36 Cu                  29.0000     1.71227023     0.40822846     1.71504282
   37 Cu                  29.0000     3.42454044    -1.97715934     1.71504285
   38 Cu                  29.0000     0.00000000     2.79361627     1.71504282
   39 Cu                  29.0000     0.00000000     6.90747752     0.00000000
   40 Cu                  29.0000     0.29534704     6.73695882     0.00000000
   41 Cu                  29.0000     1.71227023     4.52208971     0.00000000
   42 Cu                  29.0000     4.84146362    -2.05853467     0.00000000
   43 Cu                  29.0000     2.00761727     4.35157101     0.00000000
   44 Cu                  29.0000     5.13681067    -2.22905337     0.00000000
   45 Cu                  29.0000     5.13681067     2.54493036     0.00000000
   46 Cu                  29.0000     1.71227023    -0.25189402     0.00000000
   47 Cu                  29.0000     3.42454044     4.93031817     0.00000000
 

start surf_top

title "optimizing surf_top"

geometry units angstroms
   system crystal
   lat_a  7.5676
   lat_b  7.5676
   lat_c 28.7569
   alpha 90
   beta  90
   gamma 120
   end
O      1.261266366    2.184577427   11.288557401
C      1.261266366    2.184577427   10.138557401
Cu     0.000000000    0.000000000    8.238557401
Cu    -2.522532731    4.369154854    8.238557401
Cu     5.045065462   -0.000000000    8.238557401
Cu     2.522532731    4.369154854    8.238557401
Cu    -1.261266366    2.184577427    8.238557401
Cu     3.783799097    2.184577427    8.238557401  
Cu     1.261266366    2.184577427    8.238557401
Cu     2.522532730   -0.000000000    8.238557401  
Cu     0.000000000    4.369154854    8.238557401
Cu     0.000000000    2.912769903    6.178918051
Cu     5.045065462    2.912769903    6.178918051
Cu     1.261266366    0.728192476    6.178918051
Cu    -1.261266366    5.097347330    6.178918051
Cu     6.306331828    0.728192476    6.178918051  
Cu     3.783799097    5.097347330    6.178918051
Cu     3.783799097    0.728192476    6.178918051
Cu     1.261266366    5.097347330    6.178918051  
Cu     2.522532731    2.912769903    6.178918051
Cu     2.522532731    1.456384951    4.119278701
Cu     0.000000000    5.825539806    4.119278701
Cu     1.261266366    3.640962379    4.119278701  
Cu    -1.261266366    3.640962379    4.119278701
Cu     3.783799097    3.640962379    4.119278701  
Cu     0.000000000    1.456384951    4.119278701
Cu    -2.522532731    5.825539806    4.119278701
Cu     5.045065462    1.456384951    4.119278701
Cu     2.522532731    5.825539806    4.119278701
Cu     0.000000000    0.000000000    2.059639350
Cu    -2.522532731    4.369154854    2.059639350  
Cu     5.045065462   -0.000000000    2.059639350  
Cu     2.522532731    4.369154854    2.059639350  
Cu    -1.261266366    2.184577427    2.059639350
Cu     3.783799097    2.184577427    2.059639350
Cu     1.261266366    2.184577427    2.059639350
Cu     2.522532730   -0.000000000    2.059639351
Cu     0.000000000    4.369154854    2.059639350  
Cu     0.000000000    2.912769903    0.000000000
Cu     5.045065462    2.912769903    0.000000000
Cu     1.261266366    0.728192476    0.000000000
Cu    -1.261266366    5.097347330    0.000000000
Cu     6.306331828    0.728192476    0.000000000
Cu     3.783799097    5.097347330    0.000000000
Cu     3.783799097    0.728192476    0.000000000
Cu     1.261266366    5.097347330    0.000000000
Cu     2.522532731    2.912769903    0.000000000
end

constraints
      fix atom 47 46 45 44 43 42 41 40 39 38 37 36 36 34 33 32 31 30
end

nwpw
 ewald_rcut 3.0
 ewald_ncut 8
 lmbfgs
 xc pbe96-grimme4
 monkhorst-pack 5 5 1  
end

driver
   default
   maxiter 799
   xyz
   clear
end

set nwpw:cif_filename surf_top
set includestress  .true.

task pspw optimize
task pspw energy

Jibiao Li

Chongqing, China

[Eric Bylaska]

geometry units angstroms
   system crystal cartesian

   lat_a  7.5676
   lat_b  7.5676
   lat_c 28.7569
   alpha 90
   beta  90
   gamma 120
   end

I think you need to add the “cartesian” keyword in your input.

---

From: nwchem...@googlegroups.com <nwchem...@googlegroups.com> on behalf of Jibiao Li <science...@gmail.com>
Sent: Saturday, June 17, 2023 2:06:44 AM
To: nwchem...@googlegroups.com <nwchem...@googlegroups.com>
Subject: [nwchem-forum] Unexpected change of carbon z coordinate in geometry optimziation

 

--
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "NWChem Forum" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to nwchem-forum...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/nwchem-forum/CAAk9cEgU7rtxYsLoShr%2BDUY9qqpveH7Vid7V4JDqjNMpxsrSKQ%40mail.gmail.com.

[Eric Bylaska]

You could also use the web app https://arrows.emsl.pnnl.gov/api/periodic

To generate input in fractional coordinates.

Eric Bylaska - Chat @ Spike

[Eric Bylaska]

Once there you can click on the NWChem input editor tab and enter a CIF file, xyz file, etc. and generate initial NWChem input by pressing the NWChem input option below the text editor.

Eric Bylaska - Chat @ Spike