Emerson,
Em minha opinião, em um banco orientado a documentos, os mesmos (documentos) devem ser tão independentes quanto possível, ou seja, devem conter o mínimo de associações com outros documentos. Devido a natureza sem esquema do banco, você pode ter especializações guardadas na mesma coleção.
Apesar de não ser sobre MongoDB especificamente, o inicio deste livro é sobre bancos de dados NoSQL em geral e como modelar pensando em documentos, ao invés de tabelas e relações, acredito que ele possa ser bem útil ao seu momento agora. As versões são do livro são "deployadas" neste site:
http://builds.hibernatingrhinos.com/Builds/RavenDBBook. Leia lá, acredito que você vai achar bem legal para o seu momento agora.