Hola Ricky,
Cómo dijo Angel no queda muy claro que es lo que queres hacer. Lo que yo entendí es que vos queres hacer todo el delivery de archivos estáticos ( html, css, ejs templates, etc ) vía nginx y con node.js hacer el handle de la lógica de tu aplicación.
Para eso debería hacer el render de ejs en el cliente ( browser ), pero para hacer el render de ejs necesitas la data de express por lo que debería hacer una segunda llamada al server ( esta vez para obtener la infoción de node ) y una vez recibida hacer el render.
para hacerlo gráfico sería algo como
browser Server (nginx ) Server(node)
GET /usuarios ------------------------------------------------->
<------ responde( html / css / ejs / js )
GET /usuarios:3000 (request a node iniciado desde js) ---------------------------------------------->
<------------------------------------------------ return data --------------------------------------
y con una callback en el browser algo como
// load the template file, then render it with data
var html = new EJS({url: 'cleaning.ejs'}).render(data);